Las transacciones de comercio electrónico se pueden manejar de varias maneras diferentes. Algunas opciones son idénticas a las utilizadas por las tiendas minoristas regulares, y algunas son exclusivas de las compras en línea. La forma en que el minorista en línea elige manejar las transacciones es totalmente a su discreción, aunque las necesidades y preferencias del cliente normalmente juegan un papel importante en las opciones de transacción que se ofrecen. Las opciones populares de transacciones de comercio electrónico incluyen tarjetas de crédito, tarjetas de débito, cheques electrónicos, tarjetas de regalo, servicios de pago en línea y planes de pago diferido. Algunas compañías en línea aún aceptan cheques personales y cheques de caja, pero estas opciones están disminuyendo ya que le cuestan al minorista tiempo y dinero para procesar, y tienen más posibilidades de fallar que otras opciones de pago.
La falta de una persona real que participe en las transacciones de comercio electrónico hace que muchas personas sientan aprensión por esta forma de comercio. En los primeros días del comercio electrónico, abundaban las historias de terror sobre números de tarjetas de crédito robadas, robo de identidad y robo directo de minoristas en línea sin escrúpulos, y a menudo totalmente fraudulentos. Como las ventas en línea eran tan nuevas, las opciones de seguridad eran limitadas y la confianza ciega era a menudo la única opción ofrecida a los consumidores dispuestos a comprar en un sitio web.
La comunidad empresarial en línea de hoy ofrece transacciones de comercio electrónico con una miríada de características de seguridad integradas. Los números de las tarjetas bancarias están encriptados para evitar robos, y la información personal se almacena de forma segura a través de técnicas similares. Un número significativo de compañías proporciona seguridad de terceros a sitios web minoristas y garantiza el reembolso a minoristas y consumidores en caso de que sus sistemas fallen.
Además de aceptar las principales tarjetas de crédito y débito, muchos sitios de comercio en Internet ofrecen otras opciones de transacción para sus clientes. Los cheques electrónicos son populares en algunos sitios de negocios de comercio electrónico, aunque le cuestan al comerciante costos de procesamiento adicionales además de los cargos que debe pagar para procesar las ventas de tarjetas de crédito y débito. Para pagar con cheque electrónico, el vendedor genera un cheque físico utilizando la información bancaria proporcionada por el comprador, y el cheque se deposita en la cuenta bancaria del vendedor como un contra cheque regular.
Los pagos retrasados son otra opción preferida por algunos consumidores. Esta opción permite al comprador recibir un servicio o producto antes de pagarlo al proporcionar al vendedor información de la cuenta bancaria o un número de cuenta de tarjeta de crédito o débito que se facturará en una fecha o fechas posteriores, si los términos estipulan pagos múltiples. Este método generalmente implica una tarifa de servicio pagadera al vendedor al inicio de la transacción.
Algunos sitios de comercio electrónico venden tarjetas de regalo o certificados de regalo u ofrecen códigos de cupones de descuento a los consumidores. Estos minoristas en línea aceptan estos métodos de pago para transacciones de comercio electrónico. Estos métodos de pago se procesan de manera similar a los pagos realizados con tarjetas de crédito o débito.
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