El principal beneficio de tomar antibióticos para la conjuntivitis es que si la conjuntivitis fue el resultado de una infección bacteriana, es probable que los antibióticos eliminen la conjuntivitis en un período de tiempo relativamente corto. Los antibióticos pueden eliminar eficazmente cualquier bacteria que cause infecciones, incluida la conjuntivitis. A veces, los antibióticos se prescriben en exceso, lo que significa que los médicos ocasionalmente los prescriben cuando en realidad no son necesarios. Usar antibióticos para la conjuntivitis cuando la infección no es de naturaleza bacteriana probablemente no hará más que matar las bacterias buenas en el cuerpo de una persona, que está ahí para ayudar a combatir las bacterias malas. Si las bacterias buenas no están ahí para combatir las bacterias malas, una persona suele ser mucho más susceptible a otros tipos de infecciones.
Otra posible desventaja de tomar antibióticos para la conjuntivitis es que los antibióticos deben administrarse en forma de gotas o pomadas. Muchas personas, especialmente los niños, tienen dificultades para usar gotas para los ojos o cualquier otro tipo de medicamento tópico para los ojos porque sus ojos se cierran por reflejo cuando algo se acerca a ellos, lo que puede limitar severamente la cantidad de medicamento que realmente logra llegar a los ojos. Por esta razón, tratar la conjuntivitis con antibióticos puede ser difícil y puede llevar mucho tiempo para que empiece a funcionar. A menudo no se recomienda tomar antibióticos por vía oral para la conjuntivitis porque, a pesar de la dificultad de hacer que el medicamento tópico entre en el ojo, las posibilidades de eliminar la conjuntivitis suelen ser mayores con este método.
Para que un médico pueda determinar si se necesitan o no antibióticos para la conjuntivitis, tendrá que determinar si la conjuntivitis es el resultado de bacterias, alergias o algún tipo de infección viral. Las infecciones de conjuntivitis que son bacterianas a menudo provocan la formación de una gran cantidad de secreción de color amarillo verdoso dentro y alrededor de los ojos. Esta secreción puede pegarse, dificultando en ocasiones que las personas abran los ojos. Cuando la conjuntivitis es viral, todavía puede haber secreción proveniente de los ojos, pero esta secreción a menudo es clara. Las personas que tienen conjuntivitis como resultado de alergias a menudo mostrarán otros síntomas de alergia, como picazón, ojos llorosos y nariz que moquea.
Aunque los médicos normalmente hacen lo que pueden para evitar recetar antibióticos para la conjuntivitis cuando no son necesarios, ocasionalmente cometen errores. En la mayoría de los casos, una persona debe tomar cualquier medicamento que le recete su médico. Si se recetan antibióticos y la conjuntivitis no parece responder a ellos, puede ser necesaria la visita de otro médico para reevaluar los síntomas.