Los profesionales de la salud, para evitar la transferencia de bacterias de la boca a los pacientes, generalmente usan una mascarilla quirúrgica, durante la cirugía o cuando visitan a pacientes vulnerables. La mascarilla quirúrgica también puede proteger contra las salpicaduras de sangre de un paciente durante las cirugías. Por lo general, está hecho de papel o materiales sintéticos adecuados para un solo uso.
Algunas personas también usan una mascarilla quirúrgica sintética o de papel para protegerse de la inhalación de polen durante los meses de fiebre del heno. Esto puede proporcionar algún beneficio y ayudar a reducir el polen inhalado, pero nuevamente no debe reutilizarse. Debido a que una mascarilla esterilizada no es necesaria cuando se intenta evitar el polen, existen mejores mascarillas faciales que la mascarilla quirúrgica esterilizada para mantener el polen fuera de la nariz y la boca. Otros usan una mascarilla quirúrgica para protegerse de las enfermedades, pero esto en realidad no es un beneficio de la mascarilla.
Cuando los brotes del síndrome respiratorio agudo severo (SARS) en China, Hong Kong y Vietnam amenazaron a la población local, se pudo ver a muchos con máscaras quirúrgicas en público con la esperanza de que les ofrecieran un poco de protección adicional contra el SARS. En realidad, las partículas virales de enfermedades como el SARS pueden penetrar fácilmente una máscara quirúrgica. Para que se le brinde una protección verdadera, necesitaría una máscara hermética que pueda atrapar partículas de virus diminutas, como las máscaras del Instituto Nacional de Seguridad y Salud Ocupacional (NIOSH).
Las personas con SARS o cualquier enfermedad pueden proteger a otras personas de una cierta exposición usando una mascarilla quirúrgica. Sin embargo, si una persona infectada con SARS tose o estornuda, los virus penetrarán en la mayoría de las mascarillas quirúrgicas. Todavía existe la posibilidad de transmisión viral cuando una persona con una enfermedad altamente contagiosa usa una máscara quirúrgica. Con este fin, cuando se sospecha de ciertos superflus, los trabajadores médicos pueden usar máscaras con respiradores y trajes especiales de seguridad para que el virus no se pueda transmitir.
La mascarilla quirúrgica también tiene un período de tiempo algo limitado en el que será eficaz. Con frecuencia, solo funcionarán durante una o dos horas como máximo. La humedad de la boca y la nariz finalmente se transferirá al exterior de la mascarilla, lo que hará que la mascarilla quirúrgica simple sea estéril solo por un corto período de tiempo. Cuando los padres o amigos visitan a personas con sistemas inmunológicos extremadamente vulnerables a enfermedades como el cáncer, generalmente deben salir de la habitación y cambiarse las máscaras después de una hora o dos.
Aunque el uso de una mascarilla quirúrgica puede proteger brevemente a otras personas de los gérmenes que pueda estar portando, el medio principal para evitar la transmisión del virus sigue siendo mediante buenas prácticas de lavado de manos. Estos deben observarse en cualquier entorno público y son una práctica particularmente importante en los hospitales.