Embora a pele abrigue muitas espécies microbianas diferentes, não é o local mais hospitaleiro para a maioria dos microorganismos, devido à sua secura e relativa salinidade. Um esfregaço de pele é uma forma de amostrar os micróbios que vivem na pele. Como os médicos geralmente estão interessados apenas nas bactérias, vírus ou fungos que causam a infecção, o paciente geralmente não faz um cotonete de pele saudável, apenas as áreas infectadas. Em certas situações, como quando a gerência de uma unidade de saúde deseja identificar a presença de patógenos perigosos, a pele saudável pode ser esfregada. Essa forma de análise também é importante para pesquisadores de ecologia microbiana e transmissão de doenças.
Os cotonetes para uso em microbiologia são normalmente pedaços de material completamente estéreis. O material dos cotonetes pode ficar na ponta de uma alça longa para o profissional médico segurar. Existem diferentes tipos de cotonetes, mas todos desempenham a mesma função, que é esfregar sobre uma superfície para remover as substâncias biológicas de interesse. As zaragatoas para a pele são normalmente para recolher micróbios, enquanto alguns outros tipos de zaragatoa, como as zaragatoas cervicais, são concebidas para recolher células do paciente.
Quando um paciente tem uma infecção na pele, os cotonetes que um profissional médico pode usar para coletar uma amostra da infecção podem se enquadrar na definição de um cotonete. Normalmente, o médico coleta a amostra da área infectada, como o abscesso, e não da pele não afetada ao redor. Amostrar pus ou líquido de uma área infectada geralmente é, entretanto, mais útil do que um cotonete. A pesquisa está em andamento sobre o potencial de usar um esfregaço de pele para diagnosticar certos tipos de doenças infecciosas, como a clamídia, em vez de testes de esfregaço mais invasivos.
Certos patógenos perigosos podem viajar sem causar danos na pele de algumas pessoas, mas representam um risco para outras se transmitidos. Um exemplo é o Staphylococcus Aureus resistente à meticilina (MRSA), que está intimamente relacionado à flora normal da pele, mas evoluiu para ser muito resistente aos antibióticos. Isso torna a infecção pela bactéria muito arriscada, especialmente para pessoas que já estão doentes ou com feridas abertas.
O MRSA pode viajar para os hospitais na pele de pessoas saudáveis ou doentes e estabelecer-se no hospital. Quando a equipe de uma unidade de saúde suspeita da presença de MRSA, eles podem realizar um teste de esfregaço de pele nos pacientes para descobrir quem, se houver algum, é o portador da bactéria. Os locais favoritos da bactéria no corpo incluem as laterais do nariz, as áreas sob o braço e a pele em geral.
Os cientistas que estudam os habitats naturais dos micróbios também estão interessados nos resultados dos esfregaços de pele. Eles representam a população de micróbios que podem viver naturalmente na pele. As diferenças no perfil da população ao longo do tempo também podem dizer aos cientistas quais micróbios vivem lá por muito tempo e quais usam a pele como um lar temporário antes de seguir em frente.