Os níveis de homocisteína no corpo podem ser afetados por muitos fatores diferentes, que podem ser muito importantes, já que níveis elevados estão associados a um risco aumentado de coágulos sanguíneos, ataques cardíacos e derrames. Certos distúrbios genéticos podem causar problemas com a degradação da homocisteína, fazendo com que os níveis aumentem. Pessoas que não recebem o suficiente de algumas vitaminas B também podem ter níveis elevados. Diversas condições médicas, incluindo doenças renais e tireoidianas, podem afetar a quantidade de aminoácidos que uma pessoa possui, assim como alguns tipos de medicamentos. Nas mulheres, a idade costuma ser um fator, principalmente porque a alteração dos níveis hormonais pode causar alterações nos níveis de homocisteína.
Pessoas com distúrbios genéticos que fazem com que as moléculas mediadoras, que ajudam a quebrar a homocisteína, funcionem mal ou falhem, geralmente têm níveis elevados. A homocistinúria, uma condição séria tipicamente diagnosticada na infância, onde as moléculas mediadoras não estão presentes, causa uma miríade de problemas relacionados aos níveis extremamente altos de homocisteína no sangue. Uma condição mais branda é a hiper-homocisteinemia, em que as moléculas mediadoras estão presentes, mas não funcionam em níveis ideais.
As vitaminas B também desempenham um papel importante nos níveis de homocisteína de uma pessoa. O ácido fólico, a vitamina B6 e a vitamina B12 são essenciais para o colapso da homocisteína, e a falta deles causa o aumento dos níveis. Aqueles que não recebem o suficiente dessas vitaminas em suas dietas podem precisar tomar um suplemento ou comer mais alimentos que as contenham para que os níveis de homocisteína voltem ao normal.
Alguns problemas médicos podem levar ao aumento dos níveis de homocisteína. A diminuição da produção do hormônio tireoidiano pode causar o problema, assim como a doença renal. A doença cutânea psoríase também pode ser a culpada.
Os medicamentos também podem causar flutuações nos níveis de homocisteína no corpo de uma pessoa. Tomar pílulas anticoncepcionais pode ajudar a baixar os níveis, pois aumentam os níveis de estrogênio, o que parece influenciar a homocisteína. Pacientes que tomam medicamentos para epilepsia podem ter maiores quantidades de homocisteína. Outro medicamento que pode causar aumento dos níveis é o metotrexato.
As mulheres podem experimentar uma mudança nos níveis de homocisteína ao longo de suas vidas devido a mudanças nos níveis de estrogênio. As mulheres grávidas geralmente descobrem que seus níveis caem, pois têm mais estrogênio do que o normal. Mulheres mais velhas que já passaram pela menopausa, quando os níveis de estrogênio diminuem naturalmente, geralmente veem sua homocisteína aumentar. Tomar suplementos de estrogênio pode ajudar a derrubá-los.