A dieta Atkins tem obtido forte apoio e forte oposição ao longo dos anos. Parte da oposição resulta de efeitos colaterais desagradáveis experimentados por pessoas que experimentaram a dieta. Alguns dos efeitos colaterais mais comuns da dieta Atkins incluem dores de cabeça, fadiga e cãibras nas pernas. Os defensores da dieta afirmam que esses efeitos colaterais negativos da dieta geralmente não duram muito, e às vezes são superados pelos efeitos colaterais positivos da dieta Atkins, como aumento de energia.
Os desenvolvedores da dieta Atkins admitem que, geralmente durante a fase de indução da dieta, que é a famosa fase restritiva inicial, algumas pessoas sentem dores de cabeça, músculos doloridos e fadiga. Eles atribuem esses efeitos colaterais temporários da dieta Atkins a um fenômeno conhecido como “abstinência de carboidratos”. A constipação também é uma preocupação comum, provavelmente devido à falta de ingestão de vegetais fibrosos. Eles recomendam o uso de substitutos de fibras durante a fase de indução se a constipação se tornar incômoda.
Os efeitos colaterais da dieta Atkins de curto prazo, mais comumente reclamados pelos próprios dieters, incluem todos aqueles oficialmente reconhecidos pela Atkins, com adição de mau hálito, falta de energia e resistência física e mental e perda de músculos. Cãibras nas pernas e tonturas também são preocupações bastante comuns que podem ser preocupantes o suficiente para que alguns dieters acabem interrompendo a dieta. O mau hálito é frequentemente atribuído à excreção de cetonas, que têm um odor desagradável, e a redução da energia física e mental é explicada pelo fato de o corpo, e principalmente o cérebro, preferir queimar carboidratos para que o combustível funcione com mais eficiência. Apesar do fato de que Atkins afirma que a maioria desses efeitos colaterais desaparece após a fase inicial de indução, muitos dieters descobrem que alguns efeitos colaterais desagradáveis persistem durante todo o curso da dieta ou eles são incapazes de suportar os efeitos colaterais por tempo suficiente para testar se os problemas desaparecerão eventualmente.
No entanto, algumas pessoas que fazem dieta mantêm a dieta por muito tempo e experimentam mais efeitos colaterais positivos do que negativos. Os efeitos positivos regularmente citados incluem aumento em vez de diminuição da energia e redução da pressão arterial. Efeitos colaterais negativos de longo prazo podem ocorrer para algumas pessoas por causa das vitaminas e minerais restritos fornecidos nos alimentos adequados para Atkins. Além disso, muitos críticos da dieta expressam preocupação com a quantidade de gordura e proteína animal ingerida de fontes animais nesta dieta, em vez de fontes vegetais, que são consideradas mais saudáveis para o coração. As evidências científicas sobre os riscos ou benefícios à saúde a longo prazo da dieta Atkins são um tanto contraditórias e podem incluir desde o aumento da saúde e qualidade de vida até um risco muito maior de doenças cardíacas.