O fagote e o oboé são instrumentos de sopro de palheta dupla, mas possuem várias diferenças significativas que os diferenciam um do outro. Algumas das diferenças que são imediatamente aparentes quando se olha para os dois instrumentos incluem tamanho, forma e posicionamento do bocal. O fagote e o oboé também têm sons diferentes, com o fagote tocando em um registro muito mais baixo que o oboé. Embora as versões estudantis de ambos os instrumentos sejam geralmente construídas com resina plástica durável, modelos de alta qualidade para músicos experientes são feitos de diferentes tipos de madeira. Os sistemas de chaveamento também são muito diferentes entre os dois instrumentos, juntamente com a maneira como eles são mantidos.
Quando examinadas lado a lado, várias diferenças entre o fagote e o oboé são imediatamente aparentes. A aparência geral de cada instrumento é distinta. O fagote é muito maior que o oboé, e é composto por aproximadamente 7 a 8 pés (aproximadamente 2,13 a 2,44 metros) de tubulação dobrada em forma de U desigual. O lado mais curto e estreito é o local em que o bocal enganchado é fixado aproximadamente na metade do comprimento do instrumento; a outra extremidade é muito mais larga e se estende além do bocal. O oboé é construído com um tubo único e reto, que brilha em forma de sino na parte inferior, e possui um bocal e uma palheta presos na parte superior.
Tanto o fagote quanto o oboé produzem som quando o músico sopra ar na palheta dupla, causando vibrações que ressoam dentro do tubo. Cada instrumento possui um som e alcance específicos. O fagote é capaz de tocar em um registro muito baixo, com o som mais baixo da família de instrumentos de sopro, com exceção do maior contrabaixo. O oboé é capaz de tocar notas mais altas e seu som foi comparado ao de um pato, com um tom muito claro e fácil de distinguir entre os outros instrumentos da orquestra. Ambos os instrumentos são conhecidos por sua expressividade.
As versões dos alunos dos dois instrumentos geralmente são feitas de plástico de resina, porque são duráveis. Um instrumento de qualidade superior é geralmente escolhido por músicos mais experientes. O fagote e o oboé são geralmente feitos de diferentes tipos de madeira. O fagote é geralmente feito de bordo, embora possa ser construído a partir de outros tipos de madeira com um nível médio de dureza. O oboé é mais frequentemente feito de uma madeira conhecida como Blackwood Africano, ou granadilla.
Cada instrumento possui um sistema de codificação diferente. As teclas são usadas junto com os dedos para cobrir os orifícios na tubulação do instrumento para produzir notas específicas. O fagote tem menos chaves, enquanto o oboé tem um número relativamente grande, com aproximadamente 45 peças complexas de teclado.
O fagote e o oboé também são diferentes. Devido ao seu tamanho, o fagote é mantido ao lado do músico, geralmente com suporte adicional, como uma cadeira ou alça de pescoço. O músico geralmente é capaz de segurar o oboé na frente do corpo, uma vez que é muito menor.