Existem 18 ilhas espalhadas por toda a Baía de São Francisco, incluindo rochas desabitadas, refúgios de vida selvagem protegidos e ilhas desenvolvidas com populações consideráveis. Algumas das ilhas da Baía de São Francisco são bastante famosas, como é o caso de Alcatraz. Muitos são acessíveis apenas por embarcações particulares, como veleiros, e cada um tem características únicas que valem a pena visitar, se você puder chegar lá.
Muitas das ilhas são reservadas como parques e refúgios. Angel Island é um parque estadual acessível por balsa de vários locais ao redor da baía, e Alcatraz é um parque nacional. Os visitantes dessas ilhas são bem-vindos durante todo o ano, embora o verão seja a alta temporada para visitar. Existem também vários refúgios de vida selvagem, incluindo as Ilhas Marin Leste e Oeste, a Ilha Brooks e a Ilha Bair. Brooks Island faz parte do Distrito de Parques Regionais de East Bay e hospeda pássaros migrantes, pântanos e trilhas para caminhada. A Ilha Bair é um amplo refúgio de vida selvagem na Baía Sul e é uma parte importante da ecologia da Área da Baía.
Existem também várias ilhas da Baía de São Francisco que são pouco mais do que afloramentos rochosos glorificados. Isso inclui Red Rock Island, no lado oeste da Richmond Bridge, junto com East e West Sisters, Ballena Bay Island próximo a Alameda e Pat Rock. Red Rock Island também é a única ilha privada das ilhas da Baía de São Francisco, embora o fato de estar tecnicamente localizada em três condados torne o desenvolvimento potencial um desafio.
Também existem ilhas habitadas na baía. Uma delas, a Ilha da Guarda Costeira, é reservada apenas para uso militar. As outras ilhas habitadas estão todas abertas ao público. A Ilha Yerba Buena fica no meio da Ponte da Baía de São Francisco e hospeda uma população civil junto com uma pequena estação da Guarda Costeira. A Ilha do Tesouro, uma ilha artificial ligada a Yerba Buena por uma ponte, é uma antiga base naval com residências de civis localizada em sua extremidade norte. Alameda, uma ilha diretamente ao largo da costa de Oakland, é acessível através de várias calçadas e tem uma coleção considerável de exemplos da arquitetura vitoriana e Queen Anne.
Essas ilhas, como se vê, são bastante variadas. Muitos residentes da área da baía são capazes de nomear apenas algumas das 18 ilhas, então prepare-se para impressionar as pessoas com seu conhecimento local. As residências variadas e reservas naturais nas ilhas da baía de São Francisco também fornecem uma seção transversal interessante da vida na área da baía, tanto humana quanto animal.