L’ampio genere di scrittura misteriosa ha un numero di sottogeneri che hanno caratteristiche uniche e indipendenti. Tutti i generi del mistero condividono almeno la comprensione parziale fondamentale di ciò che sta accadendo nella storia, in modo tale che il racconto completo deve essere scoperto nel corso del libro. Alcuni generi di gialli si possono dividere per tipo di problema, altri per ambientazione, altri ancora per chi risolve il problema. Ci sono anche alcuni sottogeneri che funzionano combinando il genere del mistero con un altro genere, come il romanticismo. Occasionalmente ci sono libri che sfidano il genere, ma una volta che diventano popolari e trame spesso ripetute, quei libri una volta senza genere diventano anche i loro generi.
Uno dei modi migliori per classificare i generi del mistero è il tipo di detective che risolve il caso. I romanzi di investigatori privati, ad esempio, sono un sottogenere misterioso popolare, così come i romanzi di investigatori dilettanti. Alcune persone si spingono fino a specificare il genere della persona che risolve il crimine come un aspetto del genere. In un certo senso, queste categorie implicano naturalmente delle ambientazioni, ma nelle serie di romanzi il risolutore di crimini tipicamente viaggia in giro per fornire nuove sfide.
Anche il tempo e il luogo in cui avviene il mistero possono essere pensati come definitivi di un sottogenere. Ad esempio, i romanzi gialli storici sono uno dei generi gialli più popolari. I misteri intimi, che sono un tipo di romanzo molto ben definito, sono definiti sia dalla loro protagonista femminile che dal loro ambiente di provincia. Le storie di mistero che si svolgono in un lontano futuro spesso assumono la forma di misteri di fantascienza, anche se gli elementi di fantascienza della storia spesso oscurano gli elementi di mistero quando si definisce il genere del libro.
Sebbene non tutte le storie di mistero comportino un crimine nel senso che il problema era contro la legge, la maggior parte riguarda una sorta di problema che viene affrontato come un crimine. I misteri di omicidio e le storie di capperi, ad esempio, sono entrambi comunemente considerati generi. In alcuni casi, il crimine stesso potrebbe non essere contro la legge, come nel caso di molti misteri per bambini che coinvolgono crimini a livello infantile. Un giocattolo preso in prestito o un cane smarrito possono essere il crimine in un mistero per bambini, ma i detective bambini nei romanzi altrettanto frequentemente risolvono i crimini più importanti che mettono in difficoltà i funzionari di legge locali.
Infine, molti generi del mistero sono divisi in termini di stile in cui viene raccontata la storia. I romanzi polizieschi hard-boiled, comunemente pensati come storie noir, sono raccontati in un modo molto diverso dai gialli storici. Culture diverse hanno anche convenzioni diverse per i romanzi gialli, con i generi gialli e giapponesi in qualche modo diversi. In molti casi, una storia di mistero attraversa molti generi e devono essere inventati nuovi termini per far fronte a storie che sfidano il genere.