Bis Mitte des 20. Jahrhunderts betrachteten Wissenschaftler und Angehörige der Gesundheitsberufe emotionale Reaktionen und kognitive Konditionierung weitgehend als zwei getrennte Einheiten. Im Laufe der Studien zu Kognition und Emotion änderten jedoch viele Autoritätspersonen ihre Meinung über das Vorhandensein absoluter Unterschiede zwischen den beiden Staaten. Obwohl es immer noch nicht einstimmig ist, haben wissenschaftliche Standpunkte begonnen, die Vorstellung zu vertreten, dass es eine mögliche Verbindung zwischen Kognition und Emotion gibt.
„Kognition“ bezieht sich normalerweise auf die psychologische Verarbeitung des Lernens und Denkens. Es beinhaltet eine natürliche Teilnahme an abstrakten Aktivitäten im Zusammenhang mit Gedächtnis, Planung, Problemlösung und Wahrnehmung. Kognitive Funktionen können ohne großes Bewusstsein oder als direkte Reaktion auf externe Eingaben auftreten. Eine einfache kognitive Reaktion auf extreme Gefahr besteht beispielsweise darin, einen Fluchtweg zu finden, der fast automatisch oder nach mindestens einigen Minuten der Problemlösung erfolgen kann. Ein weiteres einfaches Beispiel besteht darin, die kognitive Entscheidung zu treffen, Ablenkungen von außen auszuschließen, bis eine bestimmte Aufgabe abgeschlossen ist.
Auf der anderen Seite entzieht sich Emotion historisch einer leicht zu vereinbarenden Definition. Unter den verschiedenen Erklärungen für Emotionszustände schließen sich die Behörden für psychische Gesundheit typischerweise der Theorie an, dass Emotionen aufgrund von Belohnungs- oder Bestrafungskonditionierung auftreten. Ärzte, die einen eher klinischen oder medizinischen Hintergrund haben, bevorzugen möglicherweise die Theorie, dass der menschliche Körper emotionale Reaktionen beeinflusst. Diese letztere Gruppe glaubt weitgehend, dass Emotionen mit Gehirnstrukturen wie der Amygdala, dem Hippocampus und dem Hypothalamus verbunden sind. Für welche Theorie sie sich letztendlich auch entscheiden, die meisten Fachleute, die die Gehirnaktivität untersuchen, sind sich einig, dass Emotionen kognitive Prozesse zu beeinflussen scheinen und Kognition emotionale Reaktionen zu beeinflussen scheint.
Kognition und Emotion sind auf vielfältige Weise miteinander verbunden. Anatomische bidirektionale Verbindungen, die präfrontale und anteriore Hirnstrukturen einbeziehen, verbinden einen Emotionsschub mit dem erfolgreichen Abschluss der damit verbundenen autonomen kognitiven Aufgaben. Darüber hinaus scheint ein Reiz, der eine emotionale Reaktion bei einer Person hervorruft, gleichzeitig kognitive Reaktionen zu stimulieren. Zum Beispiel können emotionale visuelle Inhalte die Großhirnrinde aktivieren, was zu erhöhten kognitiven Prozessen führt, die mit der Art und Weise zusammenhängen, wie das visuelle System Informationen wahrnimmt und verarbeitet.
Ein weiterer Zusammenhang zwischen Kognition und Emotion bezieht sich auf die Art und Weise, wie der Körper lernt, in bestimmten Situationen zu reagieren. Von vielen Wissenschaftlern als kognitive Emotionsregulation bezeichnet, beschreibt diese Theorie, wie eine Person eine Reihe von Reizen nach einer intensiven emotionalen Reaktion neu bewerten könnte. Diese Art der kognitiven Neubewertung kann aufgrund von Interaktionen zwischen der Gehirnstruktur und der Amygdala auftreten, die häufig stimuliert wird, wenn eine Person auf emotionale Eingaben reagiert, und der Inselrinde.