Einer der frühesten Impfstoffe, die Ärzte für Säuglinge empfehlen, ist der gegen Rotavirus. Rotavirus ist die häufigste Ursache für schweren Durchfall bei Säuglingen und Kindern, und fast alle Kinder werden im Alter von fünf Jahren infiziert. Die Dehydration und das Elektrolyt-Ungleichgewicht, die durch Rotavirus verursacht werden, können jedoch bei sehr jungen Menschen am problematischsten sein, und es wird empfohlen, den Rotavirus-Impfstoff ab einem Alter von sechs bis zwölf Wochen zu verabreichen. Zwei weitere Dosen werden dann in ungefähr achtwöchigen Intervallen verabreicht. Der Rotavirus-Impfstoff sollte nicht vor dem Alter von sechs Wochen oder nach dem Alter von 32 Wochen verabreicht werden.
Die Centers for Disease Control (CDC) geben an, dass Rotavirus in den Vereinigten Staaten 20 bis 60 Todesfälle pro Jahr und weltweit 500,000 Todesfälle verursacht. Der erstaunliche Unterschied bei den Todesfällen ist größtenteils auf unhygienische Bedingungen, den Mangel an verfügbarer routinemäßiger medizinischer Versorgung und knappe Ressourcen zur Behandlung von Dehydration in unterentwickelten Ländern zurückzuführen.
Die Dauer der Immunität durch den Rotavirus-Impfstoff ist nicht bekannt. Es wird angenommen, dass es mindestens zwei Rotavirus-Saisons dauert – wobei das Virus am häufigsten bei kaltem Wetter infiziert wird – obwohl Experten feststellen, dass die Wirksamkeit des Impfstoffs während der zweiten Saison geringer ist als während der ersten. Nachdem alle drei Dosen verabreicht wurden, wird die Wirksamkeit des Rotavirus-Impfstoffs auf 74 % gegen jede Rotavirus-Infektion und auf 98 % gegen eine schwere Infektion geschätzt.
Der erste Rotavirus-Impfstoff, Rotashield, wurde im August 1998 zugelassen, aber im nächsten Jahr wegen eines Zusammenhangs zwischen dem Impfstoff und Invagination oder Darmverschluss bei Säuglingen, die den Impfstoff erhalten hatten, wieder zurückgezogen. RotaTeq wurde später im Jahr 2006 zugelassen und obwohl Berichte über Invaginationen die erwartete Menge der CDC nicht überschreiten, ist dieser Rotavirus-Impfstoff auch mit einem Warnhinweis versehen, um auf Anzeichen eines Darmverschlusses zu achten. Für Säuglinge mit geschwächtem Immunsystem oder mit Magen-Darm-Erkrankungen in der Vorgeschichte liegen keine Sicherheitsdaten für diesen Impfstoff vor.
Häufigere Nebenwirkungen des Rotavirus-Impfstoffs sind Durchfall und Erbrechen, von denen bis zu 24% der geimpften Säuglinge betroffen sind. Es wurde auch festgestellt, dass das Virus im Stuhl von bis zu 8.9 % der geimpften Säuglinge und Kinder ausgeschieden wird und bis zu fünfzehn Tage lang weiter ausscheiden kann. Da Rotavirus durch den Mund in den Körper gelangt und sich über fäkal-oralen Kontakt ausbreitet, sollten Betreuer bei der Pflege eines Kindes, das den Rotavirus-Impfstoff erhalten hat, besonders sorgfältig auf das Händewaschen achten, um die Ausbreitung des Rotavirus auf andere zu verhindern.
Man kann argumentieren, dass der Rotavirus-Impfstoff oft genau die Wirkung entfaltet, vor der er Säuglinge schützen soll. Tatsächlich sind Säuglinge unter drei Monaten aufgrund passiver mütterlicher Antikörper und gegebenenfalls über die Muttermilch erhaltener Antikörper selten mit Rotavirus infiziert. Diese Säuglinge werden jedoch während dieser Zeit der natürlichen Immunität dem lebenden Rotavirus ausgesetzt, wenn der Impfstoff gemäß dem Zeitplan verabreicht wird. Darüber hinaus wird das Kind wahrscheinlich später eine Rotavirus-Infektion erleiden, wenn die Wirksamkeit des Impfstoffs nachgelassen hat. Nach der ersten Rotavirus-Infektion werden 88% der Kinder immun gegen schwere Symptome, und die Immunität verstärkt sich nur mit jeder (meist symptomfreien) Folgeinfektion.
Weitere Bedenken können sich aus der Aussage des Herstellers Merck Vaccine Division ergeben, dass „RotaTeq weder auf sein karzinogenes oder mutagenes Potenzial noch auf sein Potenzial zur Beeinträchtigung der Fruchtbarkeit untersucht wurde“. Merck stellt außerdem fest, dass „ein Zusammenhang zwischen Antikörperreaktionen auf RotaTeq gegen Rotavirus-Gastroenteritis nicht nachgewiesen wurde“. Mit anderen Worten, sie haben keinen Zusammenhang zwischen ihrem Impfstoff und der Immunität gegen das Virus nachgewiesen.
Rotavirus wird mit Ruhe, Flüssigkeit und einer Schonkost behandelt, bis das Kind aufhört zu erbrechen. In schweren Fällen kann eine IV erforderlich sein, um eine Austrocknung zu verhindern. Da dieses Virus in entwickelten Ländern selten tödlich ist und durch richtiges Händewaschen vermeidbar ist, können Eltern und Betreuer eine Pause einlegen, um die Risiken und den Nutzen des Rotavirus-Impfstoffs abzuwägen, bevor sie ihre Zustimmung geben. Wie bei jedem Impfstoff kann das Risiko von Nebenwirkungen verringert werden, indem er getrennt von jedem anderen Impfstoff verabreicht wird.