A diferencia de otros símbolos de Iowa, como el sello y la flor del estado, la bandera del estado de Iowa no fue designada hasta el siglo XX. Menos de 20 años después de que Iowa se uniera a la Unión, se libró la Guerra Civil de los Estados Unidos, después de la cual los ciudadanos del estado sintieron que la bandera nacional era todo lo que se necesitaba. La bandera fue diseñada en 20 en respuesta a las solicitudes de los miembros de la Guardia Nacional de un emblema para representarlos. Después de un breve período de uso para este propósito, el diseño como bandera del estado fue adoptado oficialmente por la Asamblea General del estado en 1917.
Iowa se unió a la Unión como el estado número 29 en 1846. Entre entonces y 1917, varios grupos habían pedido una bandera para representar al estado. Los detractores, sin embargo, sintieron que designar una bandera estatal de Iowa serviría para minimizar la importancia de la bandera nacional de Estados Unidos. Este sentimiento fue especialmente prominente en los años posteriores a la Guerra Civil, ya que la nación se reunió nuevamente y los habitantes de Iowa no querían dar la apariencia de separarse de la Unión.
En 1917, las unidades de la Guardia Nacional de Iowa se unieron a las de otros estados en servicio a lo largo de la frontera entre Estados Unidos y México. Los guardias notaron que los otros regimientos tenían banderas estatales para representarlos y expresaron el deseo de tener una bandera propia. El gobernador William L. Harding solicitó el diseño de una bandera estatal de Iowa, un proyecto que fue emprendido por las Hijas de la Revolución Americana (DAR). Dixie Cornell Gebhardt, miembro del DAR y residente de Knoxville, Iowa, fue responsable de la aparición final de la bandera.
Gebhardt eligió un fondo tricolor para la bandera del estado de Iowa, con franjas verticales de igual tamaño de azul, blanco y rojo. Este esquema de color fue un guiño al origen francés del estado, que fue adquirido por los EE. UU. Como parte de la Compra de Luisiana de Francia. Los colores también tienen significados separados, el azul representa la justicia, la lealtad y la verdad, el blanco simboliza la pureza y el rojo representa el coraje.
Las rayas azules y rojas son sólidas, sin ningún diseño en ellas. La franja blanca contiene un águila, el ave nacional de los Estados Unidos, que lleva pancartas azules en el pico. Estas pancartas presentan el lema del estado de Iowa, «Valoramos nuestras libertades y mantendremos nuestros derechos». Al combinar el símbolo nacional con el lema del estado, Gebhardt buscó mostrar que Iowa era parte de Estados Unidos, no una entidad separada. La característica final de la bandera del estado de Iowa es el nombre del estado en letras mayúsculas rojas debajo del águila.
Después de que los miembros de la Guardia Nacional de Iowa usaran la bandera durante la Primera Guerra Mundial, el estado la adoptó oficialmente como la bandera del estado de Iowa el 29 de marzo de 1921. Las regulaciones estatales rigen el tamaño y exhibición adecuados de la bandera, incluida una disposición que establece que todas las escuelas del estado debe enarbolar la bandera todos los días escolares. El Código de la bandera de los EE. UU. Establece las pautas para exhibir la bandera nacional.