La principal diferencia entre semillas y plántulas es que las semillas se plantan en el suelo para que crezcan nuevas plantas y las plántulas son en realidad plantas jóvenes, que ya brotaron de la semilla. Generalmente, las semillas son más adecuadas para plantar en el interior y las plántulas se pueden plantar fácilmente tanto en el interior como en el exterior. Las plántulas requieren «endurecimiento» antes de que se planten completamente en el exterior, lo que se puede considerar como una introducción gradual al duro mundo exterior. Las semillas, por el contrario, se germinan mejor para crear plántulas envolviéndolas en una toalla de papel húmeda o en una bandeja de semillas en el interior.
Los jardineros normalmente no tienen problemas para distinguir entre semillas y plántulas, porque son muy diferentes en apariencia debido a las diferentes etapas de sus vidas. Las semillas suelen ser pequeñas y duras, a menudo de color marrón o negro. Las plántulas son plantas pequeñas, generalmente formadas por un solo tallo que sostiene un par de hojas pequeñas. Esencialmente, las semillas son equivalentes al óvulo dentro del útero de una mujer y las plántulas equivalen a un feto en desarrollo. Si bien los ingredientes que contienen son esencialmente los mismos, se encuentran en una etapa diferente de desarrollo.
Las variaciones en el cuidado de las plantas provienen de las diferencias inherentes entre semillas y plántulas. Por ejemplo, cuando se convierte una semilla en una plántula, es preferible un ambiente interior. Esto se debe a que el cultivo en interiores proporciona al jardinero un mayor control sobre los factores ambientales generales, como la temperatura, la humedad y la luz solar. La germinación de semillas se puede hacer colocando la semilla en el centro de una toalla de papel húmeda o plantándola en el suelo usando una bandeja de semillas. Las semillas requieren más cuidado al germinar, ya que son susceptibles de ser dañadas por una variedad de factores.
Los lugares donde se deben cultivar las semillas y las plántulas difieren dependiendo de muchos factores, pero las plántulas generalmente están mejor afuera. Esto les da más acceso a la luz solar y, por lo general, les permite crecer mucho más. Antes de que las plántulas se transporten al exterior para siempre, deben pasar por un proceso conocido como endurecimiento, que las introduce gradualmente en el mundo exterior. Esto se hace sacando las plántulas al aire libre durante una gran parte del día y llevándolas por la noche. En el interior, las plantas están mucho más seguras de los factores ambientales, por lo que se requiere una introducción gradual para una transición sin problemas.
Una diferencia importante entre las semillas y las plántulas es que las semillas se benefician de estar cubiertas y las plántulas a menudo resultan dañadas. Esto se debe a que cubrir las macetas mantiene la tierra húmeda y, en general, proporciona un ambiente húmedo, que es bueno para las semillas. Sin embargo, la humedad es el caldo de cultivo ideal para varios tipos de hongos y pulgones, que pueden dañar las plántulas. Una vez que broten, los jardineros deben quitar la cubierta para dar aire fresco a las plántulas.