Aunque tiene sus ventajas, el transporte público también presenta una serie de problemas. Muchos vehículos de transporte público están abarrotados, por ejemplo, lo que puede facilitar la propagación de enfermedades. El uso del transporte público también puede resultar incómodo o inconveniente para algunas personas. Además, en algunas áreas, los gobiernos pueden encontrar que los costos de operación y mantenimiento del transporte público superan los ingresos generados por él.
Mucha gente cree que uno de los mayores problemas del transporte público es la falta de privacidad. Algunos creen que los autobuses y el metro simplemente están demasiado llenos. En un vehículo personal, por otro lado, esto no suele ser un problema. Una persona puede viajar o conducir hasta su destino sin que otras personas la golpeen o la agiten en general.
Los gérmenes son otro de los problemas más graves del transporte público. Dado que las personas a menudo se encuentran muy cerca unas de otras, corren un mayor riesgo de contraer una enfermedad cuando usan el transporte público en lugar de un vehículo personal. Los virus del resfriado y la gripe, por ejemplo, pueden transmitirse de una persona a otra, ya sea a través del contacto directo con una superficie contaminada o desde el aire, como cuando una persona estornuda. Se recomienda lavarse las manos o usar un desinfectante para manos antes y después de viajar en transporte público.
Estar encerrado en un área tan confinada con varias otras personas también es bastante incómodo para algunos. Esta comodidad comprometida a menudo se considera otro de los problemas del transporte público. Además, si un autobús o metro está demasiado frío o caliente, los calentadores o acondicionadores de aire se pueden encender en un vehículo personal. El uso de un vehículo personal también viene con el lujo de escuchar música o las noticias en la radio durante un viaje.
Junto con los otros problemas del transporte público, muchas personas no usan el transporte público porque les resulta inconveniente. Muchos vehículos de transporte público funcionan con horarios estrictos y estos tiempos de parada no siempre coincidirán con el horario de una persona. Además, si un autobús o tren llega tarde, todos los pasajeros también llegarán tarde. Cuando se usa un vehículo personal para el transporte, el conductor tiene el control de dónde y cuándo va a algún lugar.
Uno de los mayores problemas de transporte público para algunos gobiernos locales son los costos de operación y mantenimiento de estos sistemas. Algunos de estos costos incluyen el combustible, los salarios de los conductores y el mantenimiento del vehículo. En áreas con poblaciones pequeñas, los ingresos generados por los pasajeros pueden no siempre ser suficientes para cubrir estos gastos. Entonces, a menudo se necesitará dinero del gobierno para cubrir la diferencia.