Las perlas vienen en una variedad de colores y tonos, desde blanco, crema y rosa a negro con matices azules, verdes o morados. Muchos factores son responsables del color de una perla, pero en su mayor parte depende del azar. Una ostra de labios negros generalmente no crea una perla blanca, y es muy raro que otras ostras produzcan una perla negra. Aparte de eso, sin embargo, hay poca certeza sobre el color de las perlas que puede esperar cosechar de ciertas ostras o ciertas áreas.
El material que forma una perla, conocido como nácar, es secretado por la ostra como respuesta a un irritante dentro del caparazón. Las perlas naturales son extremadamente raras y caras y consisten en capas concéntricas de nácar alrededor de un irritante original posiblemente microscópico, como un pedazo de arena. Las perlas cultivadas se hacen introduciendo un núcleo de concha, típicamente perfectamente redondo, y permitiendo que se formen unas pocas capas de nácar a su alrededor.
Los factores que contribuyen al color de una perla incluyen el tipo de ostra, el grosor y el número de capas de nácar, y posiblemente elementos traza en el ambiente acuático de la ostra. Un fabricante de perlas también puede influir en el color de la perla hasta cierto punto mediante la introducción de tejido de otra ostra en la ostra huésped junto con el núcleo de la concha. El color de una perla está determinado por una combinación de factores: el color base, el sobretono y la iridiscencia. Las perlas cultivadas también a veces se tiñen.
Cuanto más grueso sea el nácar, más rico será el color de la perla y más iridiscente mostrará. El nácar delgado tiende a ser una perla de aspecto lechoso con pocos matices. La iridiscencia de una perla se debe a las capas superpuestas de nácar translúcido.
El color de una perla puede o no afectar su costo, aunque la uniformidad del color hace que las perlas sean más valiosas. Las perlas negras solían ser bastante raras y muy valiosas, pero ahora son cultivadas y, en consecuencia, están mucho más disponibles. Las perlas blancas naturales son más raras y más valiosas que las perlas negras cultivadas. El mejor color es en gran medida una cuestión de elección personal, o lo que sea más halagador para el tono de piel, aunque existen preferencias regionales y pueden afectar el precio.