Le terme microscope numérique peut désigner deux configurations différentes. Il peut s’agir soit d’un microscope optique avec une caméra vidéo ou d’un appareil photo numérique, soit d’un microscope avec une caméra intégrée. Dans les deux cas, il est capable de produire la vue de ce qui se trouve sur la scène sous forme d’image numérique, et dans les deux cas, la caméra peut être appelée caméra de microscope numérique. Une caméra de microscope numérique attachée à un microscope optique présente l’inconvénient que les lentilles sont conçues pour l’œil humain, plutôt que pour la caméra, de sorte que l’image peut être de moins bonne qualité que celle obtenue avec un modèle intégré. En revanche, certains modèles intégrés n’ont pas d’oculaire et dépendent de l’agrandissement du moniteur.
Une caméra de microscope numérique permet un certain nombre de possibilités non disponibles avec un microscope qui ne dispose pas d’une telle caméra. Il permet de stocker des images pour la tenue de dossiers, de les transmettre sur Internet ou d’être incorporées dans des documents. Une image projetée permet d’étudier loin du microscope et de partager l’image avec d’autres – par exemple, un groupe d’étudiants ou de collègues, et l’agrandissement peut également conduire à une meilleure compréhension des données. Avec une caméra vidéo, la possibilité d’enregistrer et de partager la vue d’un phénomène ou d’une expérience au fil du temps est ajoutée.
Il existe des microscopes optiques monoculaires et des microscopes trinoculaires qui ont été conçus pour faciliter la fixation d’une caméra de microscope numérique ou d’une caméra vidéo. Dans le cas du microscope monoculaire, l’appareil photo numérique s’adapte sur l’oculaire. Avec un microscope trinoculaire, la caméra se fixe sur le troisième oculaire, spécialement conçu pour cet usage. Lors de l’ajout d’une caméra de microscope numérique à un microscope, un adaptateur de microscope à monture C est le connecteur habituel.
Le premier microscope numérique a été construit par Hirox® en 1986. L’USB et le FireWire permettent désormais des connexions directes entre la caméra du microscope numérique et l’ordinateur. D’autres différences importantes dans les configurations de microscope numérique incluent la qualité de l’optique, la disponibilité d’un oculaire, le nombre de mégapixels de la caméra, le logiciel d’image utilisé, que le microscope soit sur pied ou à main, et le coût .