Uma série de complicações diferentes da intubação são possíveis. Se os pacientes precisarem de assistência respiratória urgente, eles normalmente são intubados com um tubo de respiração inserido na boca, que é então passado para a traqueia; este tubo é freqüentemente denominado tubo endotraqueal. Após a intubação, um ventilador pode bombear o ar para dentro e para fora dos pulmões. As complicações da intubação podem surgir do processo de inserção, pois o tubo pode danificar o trato respiratório ou gastrointestinal. Pacientes intubados apresentam risco aumentado de infecções, como pneumonia e sinusite, e o suporte respiratório de longo prazo com tubo endotraqueal pode resultar em danos ao trato respiratório, dificultando a respiração futura.
A inserção do tubo em si pode ocasionalmente causar danos ao paciente submetido a este procedimento. Raramente, o tubo pode danificar as cordas vocais, causando problemas para falar depois que o paciente é removido do ventilador. Outras vezes, o tubo pode passar para o esôfago em vez de para a traquéia, causando rupturas no esôfago. Isso pode resultar em sangramento no trato gastrointestinal e também pode causar problemas de deglutição após a remoção do tubo respiratório.
Com o tempo, e com o cuidado inadequado dos pacientes intubados, pode ocorrer uma infecção do pulmão chamada pneumonia. Freqüentemente, essa condição, que é uma das complicações da intubação, é chamada de pneumonia associada à ventilação mecânica. Esse tipo de infecção se desenvolve porque os pulmões de pacientes intubados são menos protegidos em comparação com pessoas que respiram normalmente porque o ar é bombeado diretamente para os pulmões. Muitas vezes essas infecções são difíceis de tratar porque são causadas por bactérias resistentes presentes no hospital.
Outra das complicações infecciosas da intubação é a sinusite, uma condição caracterizada por inflamação e irritação dos seios da face. Esse efeito colateral ocorre porque a drenagem da cavidade sinusal costuma ser prejudicada pela presença do tubo endotraqueal. Os pacientes podem ter ou não sintomas dessa infecção. É clinicamente importante, porém, porque a infecção das cavidades nasais pode causar febre. Estudos de imagem, como tomografia computadorizada (TC), são realizados para identificar sinusite.
Os pacientes que precisam permanecer em um ventilador por um longo período de tempo podem ter outras complicações de intubação. A presença de um tubo plástico da boca aos pulmões pode lesar a cartilagem de sustentação do trato respiratório, diminuindo sua integridade estrutural. Diferentes partes do trato respiratório, incluindo a traqueia, podem estreitar devido à presença do tubo. Como resultado, os pacientes podem desenvolver respiração ofegante e falta de ar. Por esse motivo, os pacientes que precisam de ajuda para respirar por mais de uma semana geralmente deixam de ser intubados pela boca e passam a ser intubados pela traqueia.