Em climas frios, geralmente é necessário um método confiável de aquecimento da estufa para proteger as plantas delicadas das temperaturas de congelamento. O melhor método de aquecimento de estufa geralmente depende da disponibilidade de uma fonte de energia, tipo de planta e tamanho da estrutura. As bandejas e almofadas de aquecimento do solo costumam ser a melhor maneira de manter pequenas mudas aquecidas durante os meses de inverno, mas geralmente não são econômicas para estruturas maiores. Os aquecedores a propano são um método de baixo custo de aquecimento com efeito de estufa, mas não são adequados para todas as variedades de plantas devido às emissões de escape prejudiciais. Geralmente, os aquecedores elétricos são a primeira escolha para o aquecimento da estufa devido ao seu baixo custo operacional, eficiência e facilidade de uso.
As bandejas de aquecimento do solo funcionam da mesma maneira que um cobertor elétrico, utilizando uma rede de fios de aquecimento isolados para produzir um calor moderado. Esses fios de aquecimento estão situados sob o solo perto do fundo da bandeja e normalmente controlados por um termostato. As almofadas de aquecimento funcionam de maneira semelhante, mas são colocadas sob as bandejas de mudas. As bandejas e almofadas de aquecimento do solo requerem uma fonte de eletricidade próxima e um circuito separado pode ser necessário para alimentar várias unidades. Esses dispositivos são geralmente um método de aquecimento de estufa barato para pequenas estruturas.
O propano também é um bom método de aquecimento de estufa por causa de seu calor úmido e baixo custo operacional. O calor úmido produzido por unidades de propano às vezes pode criar condensação ou problemas de mofo, e um desumidificador também pode ser necessário. Aquecedores a propano às vezes permitem que pontos frios se formem em áreas de má circulação de ar, e um ventilador pode ser necessário para uma distribuição uniforme do calor. Essas unidades geralmente não são equipadas com um termostato e às vezes podem causar superaquecimento da estufa. Os gases produzidos por aquecedores de propano são prejudiciais a certas espécies de plantas e um método de ventilação de exaustão também pode ser necessário.
Um aquecedor elétrico é geralmente o método de aquecimento com efeito de estufa mais popular devido à sua distribuição uniforme de calor e custo operacional relativamente baixo. Esta variante de aquecedor é normalmente forçada por ventilador e uma única unidade pode circular ar quente por uma pequena estrutura em um curto período de tempo. Aquecedores elétricos são controlados por termostato para permitir a operação apenas quando a temperatura cair abaixo de um determinado nível. Esses aquecedores produzem uma forma de calor muito seca e um umidificador também pode ser necessário para evitar danos à vegetação sensível. Os aquecedores elétricos devem ser projetados especificamente para uso em estufas; uma unidade doméstica comum nunca deve ser usada para este propósito.