Archaeen sind eine Hauptgruppe von Prokaryoten, einzelligen Organismen ohne Kerne. In dem 1990 von Carl Woese eingeführten Drei-Domänen-Klassifikationssystem sind sie neben Bakterien und Eukaryota eine der drei Gruppen. Als sie zum ersten Mal entdeckt wurden, wurden Archaeen in extremen Umgebungen wie den heißen Quellen im Yellowstone Park fälschlicherweise als Bakterien eingestuft und als Archaebakterien bezeichnet. Manchmal werden Organismen dieser Gruppe noch als Archaebakterien bezeichnet, obwohl dieser Begriff in Vergessenheit geraten ist, da es sich nicht um Bakterien handelt. Trotzdem haben viele das Suffix -Bakterien in ihrem Artnamen, ein Überbleibsel aus der Zeit, als sie für Bakterien gehalten wurden.
Möglicherweise gehören die Archaeen zu den ersten Lebewesen auf der Erde und stammen anscheinend aus der Archäischen Ära vor 3800 – 2500 Millionen Jahren. Ihr Name bedeutet auf Griechisch „Alte“. Obwohl sie Prokaryoten wie Bakterien sind, sind sie näher mit Eukaryoten wie Amöben verwandt. Archaeen wurden zuerst nur in kleinen Mengen in extremen Umgebungen gefunden, sind aber seitdem an vielen anderen Orten gefunden worden und können 20% der planetaren Biomasse ausmachen.
Archaea sind bekannt dafür, extremophil zu sein und hätten unter den rauen Bedingungen der frühen Erde vor Milliarden von Jahren gediehen. Es ist schwer, sich eine planetarische Katastrophe vorzustellen, die all diese Organismen zerstören könnte. Drei Hauptgruppen sind die Halophile (Salzliebhaber), Thermophile (Wärmeliebhaber) und Acidophile (Säureliebhaber).
Halophile wie Halobacterium können in Wasser überleben, das fünfmal salziger ist als das Meer, und sie kommen in großer Zahl an Orten wie dem Großen Salzsee, dem Toten Meer und dem Magadi-See in Kenia vor. Thermophile wie Thermus aquaticus gedeihen bei Temperaturen über 113 °C und nutzen einzigartige Enzyme, die nur bei so hohen Temperaturen funktionieren. Hyperthermophile sind eine Art von Archaeen, die noch höhere Temperaturen benötigen, um sich zu vermehren. Der berüchtigte Stamm 45, der aus einem hydrothermalen Tiefseeschlot vor der Küste des Staates Washington gewonnen wurde, kann bei Temperaturen von 121 °C, der Temperatur eines Autoklaven, überleben und sich vermehren. Acidophile wie Acidianus infernus überleben in Wasser mit einem pH-Wert unter 250, etwa so sauer wie Magensäure.