Die Geschichte der Staatsflagge von Mississippi umfasst die Abspaltung des Staates von der Union, den Wiederaufbau und eine Abstimmung im 21. Jahrhundert, um das alte Design zu ändern. Mississippi hatte keine aktenkundige Flagge, bis es sich 1861 von der Union trennte und eine Flagge schuf, um die neue souveräne Nation von Mississippi zu repräsentieren. Im Jahr 1894 beschloss der Gesetzgeber des Staates, eine neue Flagge zu schaffen, die mit dem Platz des Staates im wiedervereinigten Land übereinstimmte. Diese Flagge diente 107 Jahre lang als offizielle Staatsflagge von Mississippi, als darüber abgestimmt wurde, ob das traditionelle Design geändert werden sollte oder nicht.
Die Entscheidung der Bevölkerung von Mississippi, sich von der Union abzuspalten, führte zur Notwendigkeit einer Staatsflagge von Mississippi. Sie übernahmen zunächst die Bonnie Blue Flag, die von der ehemaligen Republik Florida verwendet wurde. Diese Flagge war einfach ein blauer Hintergrund mit einem weißen Stern in der Mitte und war nur für ein paar Wochen die offizielle Flagge. Der Gesetzgeber hat dies schnell geändert, indem er das blaue Quadrat und den weißen Stern in die Ecke eines weißen Hintergrunds verschoben, einen Magnolienbaum in die Mitte und einen roten Balken seitlich hinzugefügt hat.
Als die Staaten am Ende des Bürgerkriegs wiedervereinigt wurden, schuf Mississippi eine neue Flagge mit einer Kampfflagge der Konföderierten in der Ecke und einem roten, einem weißen und einem blauen Streifen darüber. Diese Flagge hat eine gemischte Nachricht über ihren Ursprung gesendet. Zum Beispiel sah die Kampfflagge der Konföderierten für die meisten Menschen wie ein Symbol für die Mitgliedschaft von Mississippi in der Konföderation aus, aber die offizielle Beschreibung der Flagge nennt sie ein Unionsquadrat. Es gibt 13 Sterne, die das Kreuz füllen, das entweder die 13 ursprünglichen Kolonien oder die 13 Staaten symbolisieren könnte, die Teil der Konföderation waren.
Diese Art von Mehrdeutigkeit in der Bedeutung der Staatsflagge von Mississippi führte dazu, dass einige Leute ihre Gültigkeit im 20. Jahrhundert in Frage stellten. Im Jahr 2001 unterzeichnete Gouverneur Musgrove ein Gesetz, das es der Bevölkerung von Mississippi erlaubte, entweder die alte Flagge beizubehalten oder zu einem neuen Design zu wechseln, das weniger Kontroversen verursachen würde. Das neue Design hatte die gleichen roten, weißen und blauen Streifen, aber das Eckquadrat änderte sich in einen blauen Hintergrund mit 19 kleinen Sternen und einem großen Stern, der Mississippi und die 19 anderen Staaten darstellte, die 1817 Teil der Union waren überwältigende Mehrheit stimmte dafür, dass die Staatsflagge von Mississippi so bleibt, wie sie seit über 100 Jahren war.