Eine Flaggschiffart ist eine Art aus dem Pflanzen- oder Tierreich, die verwendet wird, um ein bestimmtes Umweltproblem oder eine bestimmte Umweltursache darzustellen. Es gibt eine Reihe von Arten von Problemen, die durch eine Flaggschiffart repräsentiert werden können. Zum Beispiel wurde der Eisbär als Spezies verwendet, um das Bewusstsein dafür zu schärfen, was die globale Erwärmung mit dem Planeten macht. Es wurden Fotos und Videos von Eisbären aufgenommen, die auf schmelzenden Brocken schwimmenden Eises standen. Der Zweck dieser Fotos besteht darin, den Menschen verständlich zu machen, dass der menschliche Einfluss auf die Erde zu einer globalen Erwärmung geführt hat, die eine Vielzahl von Problemen mit sich bringt, einschließlich der Schaffung von Lebensraumproblemen für Tiere, die in Gletscherregionen leben.
Sehr oft wird eine Flaggschiff-Art aufgrund ihrer Attraktivität oder aufgrund ihrer einzigartigen Eigenschaften ausgewählt. In vielen Fällen werden andere Arten übersehen, weil sie aus dem einen oder anderen Grund nicht als sensationell angesehen werden oder nicht die Anziehungskraft haben, die das gleiche Interesse wie große Walgruppen auf sich zieht. Obwohl eine große Anzahl von Arten von einer bestimmten Anstrengung einer Organisation profitieren oder zumindest geschützt werden können, sind es die Flaggschiffarten dieser Organisation, die verwendet werden, um Unterstützer zu gewinnen.
Manchmal werden junge Artgenossen auch verwendet, um Sympathie für eine bestimmte Sache zu sammeln. Im Eisbären-Beispiel gibt es ein Video einer Eisbärenmutter, die auf der Suche nach Nahrung von ihrem Baby wegschwimmt; das Baby bleibt auf dem kleinen schwimmenden Eisblock stehen, scheinbar verlassen und allein. Da bekannt ist, dass die meisten Menschen eine emotionale Reaktion auf junge Tiere haben, kann die Verwendung eines Eisbärenbabys, um die Botschaft über die globale Erwärmung zu verbreiten, eine sehr effektive Marketingstrategie sein.
Manchmal wird eine Flaggschiffart als Repräsentant einer Umweltkatastrophe verwendet. Ein Foto eines öldurchtränkten Braunpelikans schoss beispielsweise durch die Medien und über Online-Nachrichtenquellen und wurde schnell zum Gesicht der Umweltkatastrophe im Golf von Mexiko, die eine Folge der BP-Ölpest war. Dies war nicht nur eines der ersten verfügbaren Bilder eines in Öl getränkten Tieres, sondern der braune Pelikan diente auch als perfektes Aushängeschild für dieses Ereignis, da er zufällig auch der Staatsvogel von Louisiana ist.