Die Fondsbuchhaltung ist eine Art von Rechnungslegungsstrategie, die sich mehr auf die Rechenschaftspflicht konzentriert als auf die Verfolgung der Erzielung von Gewinnen. Dieser besondere Ansatz bei der Rechnungslegung wird häufig von Unternehmen verwendet, die nicht auf Rentabilität ausgerichtet sind, wie beispielsweise gemeinnützige Organisationen oder Regierungsbehörden und Kommissionen. Eines der Hauptmerkmale dieser Methode ist die Verwendung mehrerer Hauptbücher, die den Fluss und die Verwendung aller Gelder dokumentieren, die dem Unternehmen zufließen, jedoch ohne den Schwerpunkt auf die Verfolgung von Gewinnen.
Die allgemeine Funktion der Fondsbuchhaltung besteht darin, aufzuzeigen, wo Geld ausgegeben wird. Diese Betonung ist ein Grund für die Führung mehrerer Hauptbücher und nicht der selbstausgleichenden Konten, die sich in einem einzigen Hauptbuch widerspiegeln, wie es bei gewinnorientierten Unternehmen üblich ist. Jedes der Hauptbücher verfolgt den Eingang und die Auszahlung von Ressourcen, die sich auf die Aktivitäten beziehen, die mit einem bestimmten Projekt oder Fonds verbunden sind, der von der gemeinnützigen Einrichtung betrieben wird. Für Buchhaltungszwecke muss jedes einzelne Hauptbuch oder jeder Fonds mit sich selbst abgestimmt werden, komplett mit detaillierten Berichten, die den aktuellen Saldo im Fonds unterstützen. Alle mit den verschiedenen Fonds verbundenen Berichte werden als unterstützende Details für einen kumulativen Bericht verwendet, der den Mitgliedern der Organisation sowie deren Direktoren zur Verfügung gestellt wird.
Bei der Fondsbuchhaltung werden alle Spenden oder Mittel aus Stipendien oder Stiftungen direkt in das vom Beitragszahler bezeichnete Hauptbuch oder den Fonds gebucht. Dort werden alle Ausgaben im Zusammenhang mit dem jeweiligen Projekt vom Saldo abgezogen. Diese Regelung macht es der gemeinnützigen Organisation sehr einfach, ihren Mitgliedern und auch jeder staatlichen Stelle, die mit der Überwachung der Tätigkeit der gemeinnützigen Organisation beauftragt ist, Aktivitäten zu melden.
Der Ansatz der Fondsbuchhaltung kann sehr effektiv sein, wenn Berichte an mehr als eine Regierungsbehörde gesendet werden müssen. Wenn beispielsweise eine lokal betriebene Wohltätigkeitsorganisation einen Zuschuss für die Bereitstellung von Mahlzeiten für Eingeschlossene, eine großzügige Spende zur Unterstützung einer Obdachlosenunterkunft und eine Stiftung für den Betrieb eines Nachmittagsprogramms erhält, wird jedes dieser Projekte wahrscheinlich scheitern in die Zuständigkeit einer anderen Regierungsbehörde fallen. Durch die Erstellung und Pflege eines Hauptbuchs für jedes Projekt ist es möglich, jeder Überwachungsbehörde immer eine Abrechnung über die Verwendung der zur Unterstützung jedes Programms erhaltenen Gelder zur Verfügung zu stellen. Bei der Verwendung der Fondsbuchhaltung hält sich die örtliche Wohltätigkeitsorganisation an die Vorschriften, die ihr ihre Tätigkeit ermöglichen, und kann nachweisen, dass die erhaltenen Mittel in der angegebenen Weise verwendet werden.