Die Choanoflagellaten (was „Kragenorganismus mit einem Schwanz“ bedeutet) ähneln dem einzelligen Organismus, aus dem sich alle Tiere entwickelt haben, und sind die nächsten lebenden einzelligen Tiere. Choanoflagellaten sind eine Art von Protozoen, dh ein einzelliger Eukaryont (komplexzelliger Organismus), im Gegensatz zu anderen einzelligen Organismen wie Bakterien und Archaeen. Choanoflagellaten bilden wie viele andere Mikroben Kolonien, die möglicherweise die Vorläufer der ersten mehrzelligen Organismen waren.
Die meisten Choanoflagellaten sind sitzend, das heißt, sie bleiben an einer Stelle und werden mit einem Stiel am Meeresboden befestigt. Das Flagellum peitscht schnell und treibt das Wasser nach oben. Diese Geißel ist von Mikrovilli umgeben, die den „Kragen“ bilden, der der Mikrobe ihren Namen gibt. Wenn sich das Flagellum nach oben bewegt, um einen Saugstrom zu erzeugen, der dazu führt, dass Nahrungsreste an den Mikrovilli haften bleiben. Diese Strategie wird als Filterfütterung bezeichnet und wird auch von Bartenwalen, Krill, Schwämmen und anderen Meeresorganismen verwendet. Der Zellkörper der Choanoflagellaten ist auch von einem Schild namens Theka bedeckt.
Choanoflagellaten sind wie viele andere Mikroorganismen in Gewässern allgegenwärtig. Sie wurden sogar 100 m (328 ft) unter den antarktischen Eisschilden gefunden.
Das Genom der Choanoflagellaten wurde sequenziert und eine anschließende Analyse hat gezeigt, dass sie eng mit Tieren verwandt sind. Choanoflagellaten gehören in ihrem Verhalten zu den komplexesten Protozoen. Sie bauen sogar kleine „Häuser“ aus Silikat namens Lorica (was „Körperpanzerung“ bedeutet). Als weiterer Beweis für die enge Verwandtschaft zwischen Choanoflagellaten und Tieren sehen wir, dass es in Schwämmen spezialisierte Zellen gibt, die als Choanozyten („Kragenzellen“) bezeichnet werden und eine große Ähnlichkeit mit Choanoflagellaten aufweisen. Choanozyten können auch in Nematoden gefunden werden.
Choanoflagellaten sind eine Vielzahl von Nanoplankton, die sich auf die kleinste (einzellige) Form von Organismen im Meer beziehen. Als solche werden sie von einer Vielzahl größerer Organismen verzehrt, darunter Krill und viele andere. Wenn ein Choanoflagellat stirbt, löst er sich schnell vom Meeresboden und schwimmt herum, bis er verbraucht ist.