Die größten Inseln Japans sind Honshū, Shikoku, Hokkaidō und Kyūshū, die zusammen 97% der Landfläche Japans ausmachen. Insgesamt hat Japan über 3,000 Inseln. Die Inseln Japans sind seit mindestens 35,000 v. Chr. extrem lange besetzt. Während der letzten Eiszeit wäre Japan relativ mild gewesen, verschont von den riesigen Gletschern, die damals den größten Teil Europas und Asiens bedeckten. Heute haben die Inseln Japans etwa 127 Millionen Einwohner, was diese Nation auf Platz 10 der bevölkerungsreichsten Länder der Welt macht. Japan hat die drittgrößte Volkswirtschaft der Welt, nur hinter den USA und China.
Honshū, die größte Insel des Landes, macht 61% der Landmasse aus und liegt im Zentrum Japans, zwischen der Insel Hokkaido im Norden und den Inseln Kyūshū und Shikoku im Süden. Honshū ist größer als die Insel Großbritannien und 1,300 km (800 mi) lang und reicht von 50 bis 230 km (31 bis 143 mi) breit. Honshū ist eine bergige und vulkanische Insel mit fast 100 Millionen Einwohnern und damit eine der bevölkerungsreichsten Inseln der Welt. Der größte Teil der Bevölkerung der Insel lebt in den verfügbaren Tiefebenen, insbesondere in der Kant-Ebene. Viele der berühmtesten Städte Japans befinden sich auf der Insel, darunter Tokio, Yokohama, Osaka, Kyoto, Kobe und Hiroshima.
Die beiden Hauptinseln Japans südlich von Honsh sind Kyūshū und Shikoku, die 9% bzw. 5% der gesamten Landfläche Japans ausmachen. Kyūshū liegt im Westen und hat 13 Millionen Einwohner, während Shikoku 4 Millionen Einwohner hat und damit die am wenigsten bevölkerte Insel Japans ist. Wie Honshū sind beide Inseln sehr gebirgig. Kyūshū ist bekannt für seinen aktivsten Vulkan Japans, den Berg Aso (auf 1,592 m oder 5,223 ft), während Shikoku für seine schönen Tempel bekannt ist. Die wichtigsten Städte auf Kyūshū sind Nagasaki und Kagoshima. Die größte Stadt auf Shikoku ist Matsuyama mit einer halben Million Einwohnern.
Die letzte der wichtigsten japanischen Inseln ist Hokkaidō, die 22% der Landfläche Japans ausmacht. Hokkaidō ist die zweitgrößte der japanischen Inseln und eine der ländlichsten mit einer Bevölkerung von nur 68 Einwohnern pro Quadratkilometer, im Gegensatz zu Honshūs Bevölkerungsdichte von 430 Einwohnern pro Quadratkilometer. Die natürliche Umgebung von Hokkaidō macht es zu einem beliebten Urlaubsziel für Japaner. Die Hauptstadt von Hokkaidō ist Sapporo, das weltweit als Heimat des Sapporo-Biers und als Austragungsort der Olympischen Winterspiele 1972 bekannt ist. Wie jede andere Insel in Japan ist der größte Teil der Insel gebirgig und der größte Teil der Bevölkerung befindet sich in den südwestlichen Tieflandregionen.