Obwohl der öffentliche Verkehr seine Vorteile hat, gibt es auch eine Reihe von Problemen. Viele öffentliche Verkehrsmittel sind beispielsweise überfüllt, was die Ausbreitung von Krankheiten begünstigen kann. Auch die Nutzung öffentlicher Verkehrsmittel kann für manche unbequem oder unbequem sein. In einigen Gebieten können die Regierungen auch feststellen, dass die Kosten für den Betrieb und die Wartung öffentlicher Verkehrsmittel die daraus erzielten Einnahmen überwiegen.
Viele Leute glauben, dass eines der größten Probleme im öffentlichen Verkehr der Mangel an Privatsphäre ist. Manche meinen, Busse und U-Bahnen seien einfach zu voll. Bei einem Pkw ist dies dagegen typischerweise kein Problem. Eine Person kann zu ihrem Ziel fahren oder fahren, ohne von anderen Personen angestoßen oder allgemein aufgeregt zu werden.
Keime sind ein weiteres ernsteres Problem im öffentlichen Verkehr. Da sich Menschen oft sehr nahe beieinander aufhalten, besteht bei der Nutzung öffentlicher Verkehrsmittel ein höheres Krankheitsrisiko als im Pkw. So können Erkältungs- und Grippeviren von Mensch zu Mensch entweder durch direkten Kontakt mit einer kontaminierten Oberfläche oder aus der Luft, beispielsweise beim Niesen, übertragen werden. Vor und nach der Fahrt mit öffentlichen Verkehrsmitteln wird das Händewaschen oder die Verwendung von Händedesinfektionsmittel empfohlen.
Mit mehreren anderen Menschen auf so engem Raum eingesperrt zu sein, ist für manche auch ziemlich unangenehm. Dieser beeinträchtigte Komfort wird oft als ein weiteres Problem des öffentlichen Verkehrs angesehen. Wenn ein Bus oder eine U-Bahn zu kühl oder zu warm ist, können auch Heizungen oder Klimaanlagen in einem persönlichen Fahrzeug eingeschaltet werden. Die Nutzung eines persönlichen Fahrzeugs beinhaltet auch den Luxus, während der Fahrt Musik oder Nachrichten im Radio zu hören.
Zusammen mit den anderen Problemen mit den öffentlichen Verkehrsmitteln nutzen viele Menschen die öffentlichen Verkehrsmittel nicht, weil sie für sie unbequem sind. Viele öffentliche Verkehrsmittel fahren nach strengen Fahrplänen und diese Haltezeiten stimmen nicht immer mit dem Fahrplan einer Person überein. Wenn ein Bus oder eine Bahn Verspätung hat, werden auch alle Fahrgäste zu spät kommen. Bei der Verwendung eines persönlichen Fahrzeugs für den Transport hat der Fahrer die Kontrolle darüber, wohin und wann er irgendwohin fährt.
Eines der größten Probleme des öffentlichen Verkehrs für einige Kommunalverwaltungen sind die Betriebs- und Wartungskosten dieser Systeme. Einige dieser Kosten umfassen Kraftstoff, Löhne der Fahrer und Fahrzeugwartung. In Gebieten mit geringer Bevölkerung reichen die Einnahmen aus den Passagieren möglicherweise nicht immer aus, um diese Ausgaben zu decken. Um die Differenz zu decken, werden dann oft staatliche Gelder benötigt.