Die Ernährung eines Wasserdrachen sollte im Allgemeinen etwa zehn Prozent kalzium- und phosphorreiches Gemüse und Obst sowie einige Insekten und Futtertiere wie Babymäuse, Babyvögel oder Fische enthalten. Die meisten Wasserdrachen benötigen ihre Nahrung mindestens einmal pro Woche mit einem mineralischen Ergänzungspulver, es sei denn, sie ernähren sich reich an ganzen Beutetieren. Insekten sollten im Allgemeinen einen kleineren Teil der Nahrung des Wasserdrachens ausmachen, da eine Überfütterung von Insekten bei Wasserdrachen zu gefährlichen Darmblockaden führen kann. Zusätzlich zu einer richtigen, ausgewogenen Ernährung müssen die meisten Wasserdrachen täglich etwa 12 Stunden UVA/UVB-Licht ausgesetzt werden. Dies ermöglicht es ihrem Körper, das von ihnen aufgenommene Kalzium zu assimilieren und zu verwenden.
Reptilien wie der Wasserdrache benötigen in ihrer Nahrung im Allgemeinen viel Kalzium, Protein und Phosphor. Aus diesem Grund empfehlen Herpetologen im Allgemeinen, diese Tiere mit einer futtertierreichen Diät zu füttern. Mäusebabys, Rattenbabys, kleine Vogelbabys und kleine Fische gelten als gute Beutetiere für diese Tiere. Junge Nagetiere, die gerade alt genug sind, um ein wenig Fell gewachsen zu sein, gelten als beste Protein- und Mineralstoffquelle für Wasserdrachen. Tiere wie diese sollten normalerweise zwischen 20 und 40 Prozent der Nahrung eines Wasserdrachen ausmachen.
Die meisten Experten empfehlen, Wasserdrachen nur tote Nagetiere zu füttern. Lebende Nagetiere können den Wasserdrachen angreifen oder sich dagegen wehren. Dies kann zu Verletzungen, Infektionen und sogar zum Tod des Reptils führen.
Einige Gemüse- und Obstsorten können eine gesunde Ergänzung zur Ernährung eines Wasserdrachen darstellen. Erdbeeren, Feigen, Melonen und Himbeeren sind Beispiele für Früchte, die dem Wasserdrachen viele Vitamine und Mineralien liefern können, die er für eine gute Gesundheit benötigt. Kürbis, Pastinaken, grüne Bohnen und Löwenzahngrün sind normalerweise auch ernährungsphysiologisch angemessen. Allerdings nehmen nicht alle Wasserdrachen diese Nahrung zu sich. Wasserdrachen, die kein Gemüse oder Obst fressen, können stattdessen mit zusätzlichen zehn Prozent Futtertieren gefüttert werden.
Regenwürmer gelten im Allgemeinen als nützlicher Bestandteil der Ernährung eines Wasserdrachen, da sie große Mengen des Proteins, Phosphors und Kalziums enthalten, die Wasserdrachen normalerweise benötigen. Einige Experten vermuten, dass Regenwürmer allein bis zu 20 Prozent der Nahrung eines Wasserdrachen ausmachen können. Andere Arten von Insekten, im Allgemeinen Mehlwürmer und Grillen, können 40 bis 50 Prozent der Nahrung der Eidechse ausmachen. Ein Mineralstoffzusatz für Reptilien sollte in der Regel mindestens einmal pro Woche über die Insekten gestreut werden, damit die Wasserdrachen genügend Kalzium und Phosphor in ihrer Nahrung bekommen. Ohne ausreichende Mineralstoffzufuhr können diese Lebewesen schwer erkranken.