Der größte Teil des Ozeans ist komplett dunkel. Dies wird als aphotische Zone bezeichnet und beginnt in einer Tiefe von etwa 3,000 Fuß (0.9 km) und geht bis zum Boden, der normalerweise in einer Tiefe von etwa 18,000 Fuß (5.5 km) ausreicht, mit Ausnahme von Meeresgräben, die bis zu 6.8 km tief sein. In dieser Zone kann keine Photosynthese stattfinden, so dass die üblichen Grundlagen von Nahrungsnetzen, Pflanzen und Cyanobakterien fehlen. Stattdessen müssen sich Tiere von von oben herabfallenden Kadavern ernähren, andere Tiere und in seltenen Fällen auch Bakterien, die chemische Energiequellen wie Sulfide und Methan nutzen. Einige Tiere, die in der aphotischen Zone leben, sind der Schluckaal, Riesenkalmar, kleinere Tintenfische, Seeteufel, Vampirkalmar und zahlreiche Quallen.
Die aphotische Zone ist in zwei Ebenen unterteilt: die bathypelagische Zone und die abyssopelagische Zone. Die bathypelagische Zone erstreckt sich von etwa 3,300 Fuß (1 km) unter der Oberfläche bis 13,000 Fuß (4 km) darunter. Darunter befindet sich die abyssopelagische Zone, auch Abgrundzone genannt, in der der Druck extrem hoch ist (400 Atmosphären und mehr) und die Artenvielfalt stark abnimmt. Darunter befindet sich die hadopelagische Zone, die als Bezeichnung für Meeresgräben verwendet wird.
Einige der hässlichsten und bösartigsten Fische der Welt sind in diesen Teilen des Ozeans zu finden, darunter der Viperfisch, der Fangzahn, der Drachenfisch, der Eidechsenfisch und viele andere. Diese Fische haben oft aufklappbare Kiefer, schwarze Schuppen, durchdringende Augen und extrem scharfe Zähne. Die meisten Leute würden ihnen nicht in einer dunklen, überfluteten Gasse begegnen wollen. Einige von ihnen sind nach ihrer oberflächlichen Ähnlichkeit mit Reptilien benannt.
Viele der Tiere in der aphotischen Zone sind biolumineszent, was bedeutet, dass sie auf die eine oder andere Weise ihr eigenes Licht erzeugen können. Dies kann sowohl zur Navigation als auch zum Anlocken von Kleintieren in den Kiefer verwendet werden. Der Seeteufel ist wohl das bekannteste Beispiel, da er aus einem speziellen Fortsatz am Kopf einen Köder vor seinem Maul hat.
Andere Fische sehen nicht so böse aus, sondern eher klecksartig. Zu diesen Bodenfressern gehören der treffend benannte Klecksfisch und der Sargfisch, die mit beinartigen Flossen über den Meeresboden laufen. Unten findet man auch Seegurken und Riesenasselse, fußlange Verwandte der Asseln. In der Tiefsee gibt es auch zahlreiche ungewöhnliche und seltene Haie, wie den Megamouth Shark, der als einer der beeindruckendsten Meerestierfunde des letzten Jahrhunderts gefeiert wird.