Es gibt etwa 75,000 wissenschaftlich identifizierte Pilzarten, wobei Wissenschaftler glauben, dass es bis zu einer Million noch nicht identifizierter Pilzarten geben könnte. Da verschiedene Arten oberflächlich gleich aussehen können, ist ihre genaue Klassifizierung schwierig und erfordert normalerweise die Anwendung molekularer Werkzeuge wie der DNA-Sequenzierung. Da die DNA-Sequenzierung selbst bei Pilzen mit weit kürzeren Genomen als Säugetiere noch relativ teuer ist, wird es wahrscheinlich noch viele Jahrzehnte dauern, bis die Mehrheit sicher klassifiziert ist.
Häufige Arten sind Schimmelpilze – die in Strängen namens Hyphen wachsen, Pilze – Fruchtkörper von Pilzkolonien und Hefen – der Name für alle einzelligen Pilze. Dies sind jedoch weit gefasste Begriffe, und Schimmelpilze, Hefen und Pilze können in mehreren taxonomischen Kategorien gefunden werden. Die Klassifizierung von Pilzen auf Stammebene ist kompliziert und wird ständig neu gemischt. Pilze wurden zunächst fälschlicherweise als Pflanzen klassifiziert, aber spätere Untersuchungen ergaben, dass sie tatsächlich mehr mit Tieren gemein haben. Sie sind wie Pflanzen und Tiere Eukaryoten.
Phylogenetisch gibt es sieben Pilzstämme. Die erste ist die Chytridiomycota oder Chytride, die primitivste Form mit etwa 1,000 identifizierten Arten. Diese produzieren Sporen mit Flagellen (Zoosporen) und jagen Amphibien, Mais, Luzerne, Kartoffeln und andere anfällige Organismen. Diese sind am repräsentativsten für die Arten, die während des gesamten Paläozoikums lebten und hauptsächlich aquatisch waren.
Blastocladiomycota ist die zweite Phlya, die erst 2007 als eigenständige Kategorie geschaffen wurde. Wie die Chytriden verwenden sie Zoosporen zur Fortpflanzung und parasitieren alle wichtigen eukaryotischen Gruppen. Der dritte Stamm, Neocallimastigomycota, sind anaerobe Pilze, die hauptsächlich die Mägen von Wiederkäuern besiedeln. Ihr Name enthält das griechische Suffix, das sich auf Peitschen bezieht, -mastix, für ihre zahlreichen Geißeln. Sowohl der zweite als auch der dritte Stamm wurden zunächst fälschlicherweise als Chytriden klassifiziert.
Der vierte Stamm sind die bekannteren Zygomycota, benannt nach den robusten kugelförmigen Sporen, die sie produzieren. Wenn Sie einen Pilz mit winzigen Punkten an den Spitzen der Hyphen (Filamente) sehen, ist das Zygomycota. Es gibt über 600 Arten dieser Gattung, darunter der Schwarzbrotschimmel, einer der am häufigsten vom Menschen gesichteten. Ein anderer ist Pilobolus, der Sporen mehrere Meter durch die Luft schleudern kann.
Der fünfte Stamm sind die Glomeromycota, die als Arbuscular Mycorrhizae (AM) Pilze bekannt sind. Im Grunde bedeutet dieser Begriff “Baumpilze”. Sie kommen in großer Zahl in den Wurzeln von mehr als 80 % der Gefäßpflanzenfamilien vor. Diese Beziehung ist symbiotisch und uralt und reicht mindestens 460 Millionen Jahre zurück, bis zu den Anfängen des Pflanzenlebens an Land.
Der sechste Stamm sind die Ascomycota, bekannt als Sackpilze. Diese bilden unterschiedliche kugelförmige Säcke, um ihre Sporen zu halten, und enthalten die meisten Arten aus allen Stämmen. Beispiele sind Penicillium, Morcheln, Trüffel, Bäckerhefe, Flechten, Mehltau und viele andere. Viele dieser Stämme sind pflanzenpathogen.
Der siebte Stamm sind die Basidiomycota oder die Keulenpilze. Diese Gruppe enthält die häufigsten Pilze. Es zeichnet sich durch das Vorhandensein einer sporenbildenden Struktur aus, die Basidium genannt wird, besser bekannt als Kappe. Zusammen mit Ascomycota sind sie als höhere Pilze bekannt.