Ciprofloxacin ist ein Antibiotikum und tötet nur bestimmte Arten von Bakterien ab. Sexuell übertragbare Krankheiten (STDs) können durch eine Vielzahl von Infektionen verursacht werden, von denen Bakterien nur einen Teil ausmachen. Von den bakteriellen Infektionen, die Mediziner zuvor mit Ciprofloxacin behandelt haben, sind einige gegen das Medikament resistent geworden, sodass möglicherweise andere Antibiotika erforderlich sind. Ab 2011 gelten Schanker und das primär tropische STD-Granulom inguinal als durch das Medikament behandelbar.
Wenn eine Geschlechtskrankheit durch ein Virus verursacht wird, ist Ciprofloxacin nicht wirksam. Zu den durch Viren verursachten Geschlechtskrankheiten gehören Herpes genitalis, das humane Immunschwächevirus (HIV) und Genitalwarzen. Viren reagieren normalerweise nicht auf Antibiotika.
Jedes Antibiotikum hat auch spezifische Wirkmechanismen und kann daher nicht auf alle Bakterienarten abzielen. Chlamydien werden beispielsweise durch das Bakterium Chlamydia trachomatis verursacht, das Ciprofloxacin nicht bekämpfen kann. Ciprofloxacin ist auch gegen Lymphogranuloma vereneum, das ebenfalls durch C. trachomatis verursacht wird, unwirksam.
Andere bakterielle Erkrankungen, die Ciprofloxacin nicht behandeln kann, sind Syphilis, bei der das Bakterium Treponema pallidum die Krankheit verursacht. Bakterielle Vaginose ist eine weitere Erkrankung, die durch eine Geschlechtskrankheit hervorgerufen werden kann oder nicht. Dieser Zustand spricht normalerweise auch nicht auf eine Behandlung an, die Ciprofloxacin enthält. Trichomoniasis heilt auch mit Ciprofloxacin nicht ab, aber in diesem Fall liegt es daran, dass der Erreger ein Protozoen-Parasit und kein Bakterium ist.
Bakterien können sich im Laufe der Zeit entwickeln und Resistenzmechanismen gegen ein Antibiotikum entwickeln, und Ciprofloxacin ist keine Ausnahme. Die Centers for Disease Control (CDC) in den Vereinigten Staaten gaben 1998 eine Erklärung heraus, in der darauf hingewiesen wurde, dass Ciprofloxacin eine der wirksamsten Behandlungen für Gonorrhoe war, aber bis 2010 war das Bakterium, das Gonorrhoe verursacht, gegen dieses Medikament so resistent, dass die CDC die Verwendung anderer empfahl stattdessen Medikamente wie Ceftriaxon.
Gemäß den CDC-Empfehlungen von 2010 zu sexuell übertragbaren Krankheiten ist Ciprofloxacin nur zur Behandlung von Chancroid und einer Krankheit, die hauptsächlich in tropischen Ländern auftritt, namens Granuloma inguinale geeignet. Bei dieser Krankheit ist das verursachende Bakterium Klebsiella granulomatis. Obwohl Ciprofloxacin seit 2011 diese Krankheiten behandeln kann, treten manchmal Probleme auf.
Bei Chancroid gibt es einige Stämme, die gegen das Medikament resistent sind. In diesen speziellen Fällen können andere Medikamente, wie Azithromycin, die Infektion möglicherweise erfolgreich behandeln. Auch Granuloma inguinale neigt zu Rezidiven, obwohl die ersten Antibiotika-Behandlungen erfolgreich erscheinen. Ein weiterer Nachteil der Verwendung von Ciprofloxacin bei sexuell übertragbaren Krankheiten besteht darin, dass es für schwangere und stillende Frauen nicht sicher ist.