Aunque no existe una forma infalible de evitar por completo la intoxicación alimentaria por mariscos, hay pasos a seguir para que el consumo sea relativamente seguro. La intoxicación alimentaria por mariscos ocurre con mayor frecuencia cuando se consumen mariscos del agua que puede estar contaminada por las mareas rojas o que se han contaminado recientemente. La industria comercial de los mariscos está regulada y las operaciones se inspeccionan con regularidad, lo que hace que la mayoría de los mariscos preparados comercialmente sean seguros para comer. La mayoría de las intoxicaciones alimentarias por mariscos ocurren cuando los aficionados recolectan y comen mariscos contaminados. También es riesgoso comer mariscos crudos o poco cocidos.
Como cualquier otro alimento, los mariscos pueden contaminarse con bacterias y microorganismos dañinos si se manipulan incorrectamente. Los mariscos siempre deben obtenerse de fuentes acreditadas. Nunca coma mariscos si no está seguro de la fuente. Cualquier marisco debe prepararse con las manos lavadas y con utensilios limpios y en un lugar de trabajo limpio. Cocinar los mariscos a fondo matará muchos microorganismos dañinos.
A veces, los mariscos pueden contener toxinas que son termoestables y no se pueden eliminar mediante la cocción. Es mejor evitar comer mariscos durante los meses cálidos de verano, especialmente si las mareas rojas han sido severas. Durante una marea roja, las poblaciones de fitoplancton se vuelven tan numerosas que sus cuerpos hacen que el agua parezca rojiza. Se producen toxinas naturales que pueden ser ingeridas por los mariscos. Como los mariscos se alimentan por filtración, sus cuerpos pueden acumular toxinas y causar enfermedades a los humanos o animales que los ingieren.
La intoxicación alimentaria por mariscos también puede ocurrir cuando los mariscos están contaminados con los virus de la hepatitis A o Norwalk. Además, hay cuatro tipos reconocidos de intoxicación por mariscos por acumulación de toxinas naturales. La intoxicación por mariscos amnésica y neurotóxica puede causar enfermedades, pero no se conocen muertes. Un brote de intoxicación amnésica por mariscos en 1987 en el este de Canadá tuvo una tasa de mortalidad del 3 por ciento. La intoxicación paralítica por mariscos es la más mortal, con una tasa de mortalidad del 1 al 12 por ciento.
Ciertas poblaciones tienen un mayor riesgo de intoxicación alimentaria por mariscos. Estos incluyen niños y ancianos, especialmente si tienen un sistema inmunológico comprometido. La mayoría de los casos de intoxicación por mariscos se resuelven por sí solos, pero se debe buscar atención médica si se sospecha una intoxicación alimentaria por mariscos. Los síntomas de algunos tipos de intoxicación pueden aparecer minutos después de consumir mariscos e incluyen hormigueo o ardor en los labios y la lengua, náuseas y dolor abdominal. Otros tipos de intoxicación por mariscos, como la hepatitis A, pueden tardar varias semanas en aparecer los síntomas.
Aunque la incidencia de las mareas rojas sigue aumentando, es importante recordar que la mayor parte del consumo de mariscos es perfectamente seguro. Como los mariscos obtenidos comercialmente están sujetos a estrictas regulaciones con respecto a las prácticas, el público continúa disfrutando de los mariscos sin una preocupación excesiva. En general, los beneficios nutricionales de consumir mariscos tienden a superar cualquier riesgo de intoxicación, especialmente si los mariscos se obtienen comercialmente y se cocinan completamente.