Si bien Linux® y Windows® son sistemas operativos diseñados para usarse en una computadora personal, existen muchas diferencias entre los dos. La principal diferencia entre Linux® y Windows® es la disponibilidad del código. Linux® opera bajo la Licencia Pública GNU, lo que significa que su código fuente es accesible para cualquiera que desee examinarlo o modificarlo. Una persona tendría que estar conectada de alguna manera a Microsoft, la compañía que produce Windows®, para ver el código de ese sistema operativo.
Otra diferencia clave entre Linux® y Windows® es la cantidad de versiones disponibles. Microsoft es la única empresa que produce el sistema operativo Windows®, mientras que varios productores fabrican versiones de Linux®. Una persona que decide instalar Linux® en su computadora puede elegir entre Red Hat, Ubuntu, Debian y una amplia gama de otras empresas.
La disponibilidad de actualizaciones también varía entre Linux® y Windows®. Suele aparecer una nueva versión de Windows® cada pocos años, ya que Windows 98® reemplazó a Windows 95® y Windows Vista® en 2006 reemplazó a XP®, que se lanzó en 2001. Las nuevas versiones de Linux®, conocidas como distribuciones, tienden a para salir semestralmente. En lugar de comprar un sistema operativo completamente nuevo, un usuario de Linux® generalmente puede optar por descargar e instalar la nueva distribución desde su administrador de actualizaciones. La instalación de Linux® y sus nuevas distribuciones suele ser gratuita.
La instalación de la nueva distribución desde el administrador de actualizaciones conserva los archivos y las preferencias de una persona. Una persona que usa Windows® y necesita actualizar también generalmente puede preservar sus archivos y datos actualizando de una versión a otra. Sin embargo, una simple actualización no siempre es posible. En algunos casos, un usuario puede necesitar desinstalar completamente la versión anterior de Windows® y luego instalar la nueva, lo que resulta en una pérdida de datos.
El manejo de las amenazas de seguridad difiere en Linux® y Windows®. Dado que Linux® es de código abierto y cualquiera puede acceder al código para repararlo, los problemas de seguridad se resuelven y el nuevo código se publica con mucha más regularidad que para Windows®. Windows® generalmente publica reparaciones de errores y parches de seguridad mensualmente y tiende a tomar más tiempo para resolver los problemas. La velocidad más lenta de reparación de las brechas de seguridad brinda a los piratas informáticos y a otros con intenciones maliciosas una ventana más amplia para atacar las computadoras de los desprevenidos.
Linux® y Windows® también difieren en la forma en que presentan los datos al usuario. Si bien ambos sistemas operativos permiten al usuario elegir entre una interfaz de línea de comandos y lo que se denomina interfaz gráfica de usuario (GUI), la interfaz de línea de comandos solo presenta texto y los usuarios de Windows® pueden estar familiarizados con MS-DOS. GUI es el escritorio, con sus íconos e imágenes, con el que están familiarizados muchos usuarios de computadoras. Linux® tiende a tener más opciones para sus usuarios tanto para la GUI como para la línea de comandos.