Minnesota es uno de los estados más septentrionales de la región del Medio Oeste de los EE. UU. Fue admitido como el estado número 32 en 1858. Aunque Minnesota adoptó un sello estatal en 1861, no hubo bandera estatal de Minnesota hasta 1893. El ímpetu para crear una bandera estatal parece haber sido la próxima Exposición Mundial Colombina de 1893, que fue que se celebrará en Chicago, Illinois, EE. UU. Se pidió a todos los estados de EE. UU., Que entonces contaban con solo 44, que presentaran y exhibieran sobre su estado en la exposición, y Minnesota se encontró sin una bandera estatal.
La legislatura de Minnesota nombró una comisión, que patrocinó un concurso de diseño de banderas abierto a los residentes del estado. La propuesta ganadora fue presentada por Amelia Hyde Center, residente de Minneapolis, y usó el sello estatal como el emblema central de la bandera. El diseño de Hyde para la bandera incluía diferentes colores: azul, blanco y mddash; en cada lado.
El Sello del Estado de Minnesota muestra a un agricultor arando su campo, que está cerca de un arroyo y una pequeña cascada. Un campo verde abierto está cerca, y el sol sale sobre colinas y árboles en la distancia. El rifle del granjero descansa contra el tocón de un árbol detrás de él. Observa cómo un nativo americano cabalga sosteniendo una lanza y lo mira. Una cinta en el sello dice «L’Étoile Du Nord», que en francés significa «La estrella del norte».
En la primera bandera del estado de Minnesota, había tres fechas históricas importantes alrededor del sello: 1819, 1858 y 1893. En 1819 se fundó Fort Snelling, un importante puesto militar para la protección de los nuevos colonos. El año 1858 marca la admisión de Minnesota a la condición de estado y 1893 es el año del diseño de la bandera.
El sello está envuelto en flores de mocasín blanco sobre un campo de azul. Dos cintas fluyen desde debajo del sello y enmarcan el nombre del estado. Alrededor del sello, 19 estrellas en pequeños cúmulos forman las cinco puntas de una estrella más grande. La estrella más grande de la bandera representa a Minnesota. El diseño de la bandera fue cosido en seda por dos hermanas inmigrantes noruegas, Thomane y Pauline Fjelde, y la bandera del estado de Minnesota recibió una medalla de oro por bordado en la exposición.
El diseño original del centro ha sufrido algunos cambios. En 1957, la legislatura cambió la bandera del estado de Minnesota a una bandera unilateral, en gran parte basada en consideraciones de producción y costos. La legislatura de Dakota del Sur tomó una decisión similar con respecto a la bandera de dos caras de su estado en 1963 por las mismas razones. Durante los cambios de 1957, las flores de zapatilla de dama rosadas y blancas, nativas de Minnesota, reemplazaron las flores blancas de mocasín en la corona que rodea el sello estatal.