Algunas diferencias entre los muffins y los cupcakes son la densidad, el glaseado y los alimentos que se hornean en el interior. La densidad varía entre muffins y cupcakes, pero los muffins son casi siempre más densos debido a la harina adicional agregada. Además, los cupcakes generalmente tienen glaseado, mientras que los muffins no. Otra diferencia entre los dos es que las magdalenas pueden contener alimentos como verduras e incluso carne, algo que a los cupcakes generalmente les falta. Sin embargo, la línea entre estos dos elementos puede ser borrosa, especialmente con cocineros modernos que no temen romper las reglas estándar de cocción.
Una diferencia importante entre los muffins y los cupcakes es que los muffins se definen como pan, mientras que los cupcakes se definen como pasteles pequeños. Los muffins generalmente tienen mucha más harina que los cupcakes, lo que los hace más densos. Incluso si todos los demás ingredientes fueran iguales, la densidad de un panecillo se destacaría, aunque la apariencia es similar. A veces los cupcakes se hacen más densos de lo habitual, pero generalmente no se acercan a la densidad de un panecillo. Además, las magdalenas suelen ser al menos un poco más grandes que una magdalena, mientras que los tamaños de las magdalenas son generalmente estándar o mini.
Otra diferencia entre los muffins y los cupcakes es que los cupcakes son típicamente glaseados. El glaseado a menudo es dulce o a veces salado, pero casi siempre está presente en un pastelito. Por otro lado, las magdalenas no suelen tener glaseado. Por lo general, se comen solos o con mantequilla, conservas de frutas u otros condimentos. Cuando las magdalenas se congelan, a menudo se usan ingredientes más nutritivos, en comparación con el glaseado destinado a magdalenas orientadas a postres.
Los pastelitos generalmente no tienen adiciones que no sean los dulces horneados ocasionalmente y el glaseado que cubre el pastel. Los panecillos, por otro lado, a menudo contienen frutas, verduras u otros alimentos abundantes. A diferencia de las magdalenas, las magdalenas a menudo están diseñadas para rellenar en lugar de un postre que se ofrece al final de una comida. En general, los cupcakes están diseñados para ser un postre, mientras que los muffins pueden ser un postre o un alimento normal.
A veces, la línea entre magdalenas y magdalenas está un poco borrosa. Los muffins se pueden endulzar y, a veces, los cupcakes son más sabrosos de lo habitual. A veces, las magdalenas se crean con menos harina de lo habitual, y los cupcakes pueden ser más densos de lo habitual. Algunas personas tienen dificultades para distinguir magdalenas y magdalenas cuando ambas están congeladas.