En los climas donde se cultiva con mayor frecuencia la calabaza, la calabaza crece durante los cálidos meses de verano y se cosecha a principios de otoño antes de la primera helada. La calabaza está lista para ser cosechada cuando haya alcanzado su tamaño completo y su piel se haya vuelto de verde a bronceada. Asegurarse de que las pieles estén maduras antes de cosechar la calabaza es muy importante porque la cáscara dura permite un almacenamiento prolongado. Cuando las calabazas estén listas para ser cosechadas, deben podarse de la vid, limpiarse y almacenarse en un lugar fresco y seco.
A pesar de que se le llama «calabaza de invierno», la calabaza no crece en temperaturas frías. Las plantas crecen y los frutos se desarrollan durante los cálidos meses de verano, y la calabaza debe recogerse antes de que llegue el clima más fresco y traiga las heladas. Todo lo que se necesita es una helada para matar las plantas y destruir su rendimiento, por lo que es esencial cosechar la calabaza de manera oportuna.
La calabaza tiene una piel suave con rayas verdes mientras está creciendo y aún es inmadura. La cosecha de la calabaza moscada mientras la piel aún está blanda y verde dará como resultado una pulpa dura y sin sabor porque las frutas aún están poco desarrolladas. En su lugar, la calabaza debe cosecharse cuando la piel haya cambiado por completo de un verde brillante a un color bronceado medio mate. Además, las pieles deben ser duras y resistentes a las raspaduras de una uña antes de recolectarlas. Los tallos deben ser gruesos y duros e indicar que están listos para la cosecha cuando comienzan a oscurecerse de verde a marrón.
La calabaza madura que esté lista para la cosecha debe cortarse cuidadosamente de la vid, dejando entre 1 y 2 cm (2.5 a 5 pulgadas) de tallo adherido a la calabaza. Si no se deja un tallo adherido, se producirá una mancha blanda en la fruta que puede invitar a insectos o bacterias que causan la descomposición prematura. Al cosechar la calabaza, debe apartarse cualquier fruta con cortes, puntos blandos, magulladuras o tallos faltantes. Estos especímenes aún son comestibles, pero deben comerse primero porque es probable que se pudran rápidamente y no se almacenen bien. La calabaza podrida que se almacena entre calabazas sanas puede acelerar el deterioro de toda la cosecha.
Después de cosechar la calabaza, las frutas maduras y sanas se pueden almacenar en un lugar fresco y seco durante varios meses. Los sótanos o los sótanos de raíces suelen ser buenas opciones siempre que no sean propensos a la humedad en los meses de invierno. Las temperaturas de aproximadamente 50 a 55 grados Fahrenheit (alrededor de 10 a 13 grados Celsius) son ideales para almacenar calabaza.