La ubicación de la colmena a menudo juega un papel importante en si una operación de apicultura se considera orgánica o no. Los estándares de certificación de la apicultura orgánica pueden requerir que una colmena esté dentro de una distancia específica de la vegetación natural o tierra cultivada utilizando métodos orgánicos. Por ejemplo, algunos estándares de certificación requieren que una operación de apicultura orgánica tenga un mínimo de tres millas (4.82 kilómetros) de tierras de cultivo orgánicas o vida vegetal natural a su alrededor. Esto ayuda a garantizar que las abejas restringirán su alimentación a estas áreas, ya que es poco probable que vuelen más lejos en busca de alimento.
Para ser designado una operación orgánica, también se considera la manera en que los apicultores cosechan los productos de la colmena. Un apicultor orgánico deja un poco de miel en la colmena cuando cosecha, asegurando que las abejas puedan alimentarse de ella cuando el clima es muy frío o seco. A menudo, los apicultores ayudan a complementar las dietas de sus abejas proporcionando un suministro de agua azucarada. El apicultor orgánico evita esta práctica, ya que sabe que no es saludable para sus abejas. Los apicultores orgánicos también dejan parte del panal original para las abejas cuando quitan la cera, lo que ayuda a reducir el estrés en las abejas.