La ciprofloxacina es un antibiótico y solo mata ciertos tipos de bacterias. Las enfermedades de transmisión sexual (ETS) pueden ser causadas por una variedad de infecciones, de las cuales las bacterias solo constituyen una parte. De las infecciones bacterianas que los profesionales médicos han usado anteriormente para tratar la ciprofloxacina, algunas se han vuelto resistentes al medicamento, por lo que pueden ser necesarios otros antibióticos. A partir de 2011, el chancroide y el granuloma inguinal de ETS principalmente tropicales se consideran tratables con el fármaco.
Cuando una ETS es causada por un virus, la ciprofloxacina no es eficaz. Las ETS causadas por virus incluyen el herpes genital, el virus de inmunodeficiencia humana (VIH) y las verrugas genitales. Los virus no suelen responder a los antibióticos.
Cada antibiótico también tiene modos de acción específicos y, por lo tanto, no puede dirigirse a todas las especies bacterianas. Por ejemplo, la clamidia es causada por la bacteria Chlamydia trachomatis, a la que la ciprofloxacina no puede atacar. La ciprofloxacina también es ineficaz contra el linfogranuloma vereneum, que también es causado por C. trachomatis.
Otras enfermedades bacterianas que la ciprofloxacina no puede tratar incluyen la sífilis, donde la bacteria Treponema pallidum causa la enfermedad. La vaginosis bacteriana es otra afección que puede o no ser producida por una ETS. Esta afección tampoco suele responder a un tratamiento que incluya ciprofloxacina. La tricomoniasis tampoco desaparece con ciprofloxacina, pero en este caso se debe a que el agente causante es un parásito protozoario y no una bacteria.
Las bacterias pueden evolucionar con el tiempo y desarrollar mecanismos de resistencia a un antibiótico, y el ciprofloxacino no es una excepción. Los Centros para el Control de Enfermedades (CDC) de los Estados Unidos emitieron una declaración en 1998 indicando que la ciprofloxacina era uno de los tratamientos efectivos para la gonorrea, pero para 2010, la bacteria que causa la gonorrea era tan resistente a este medicamento que los CDC recomendaron usar otros medicamentos, como ceftriaxona, en su lugar.
De acuerdo con las recomendaciones de los CDC de 2010 sobre las opciones de tratamiento de las ETS, la ciprofloxacina solo es adecuada para tratar el chancroide y una enfermedad que ocurre principalmente en los países tropicales llamada granuloma inguinal. En el caso de esta enfermedad, la bacteria causante es Klebsiella granulomatis. Aunque la ciprofloxacina, a partir de 2011, puede tratar estas enfermedades, a veces ocurren problemas.
Con el chancroide, hay algunas cepas que son resistentes al fármaco. Con estos casos específicos, otros medicamentos, como la azitromicina, pueden tratar la infección con éxito. El granuloma inguinal también tiende a reaparecer, aunque los tratamientos antibióticos iniciales parecen tener éxito. Otro inconveniente del uso de ciprofloxacina para las ETS es que no es seguro para las mujeres embarazadas y lactantes.