A conservação das baleias envolve proteger não apenas as baleias, mas também os golfinhos, botos e outras formas de cetáceos. O principal problema abordado pelos ativistas da conservação de baleias é o da caça excessiva. Várias leis foram aprovadas que culminaram com a caça comercial sendo ilegal. Existem comunidades que foram poupadas dessa proibição, no entanto, entendendo que permanecem dentro de uma cota. A conservação das baleias também envolve a preservação da qualidade da água do mar, sendo proibido às empresas despejarem seus resíduos industriais no oceano.
A idéia de conservação das baleias surgiu originalmente porque os pescadores estavam caçando as baleias com muita agressividade e causando uma queda drástica na população de baleias. Embora houvesse acordos tênues entre os governos para reduzir o nível de caça na década de 1930, essas medidas geralmente eram ineficazes porque muitas comunidades ainda exigiam grandes capturas para sobreviver. Em 1946, a Comissão Internacional da Baleia (IWC) foi criada com o objetivo de regular a indústria baleeira, limitando o número de baleias que poderiam ser capturadas em épocas específicas.
No entanto, mesmo a formação da CBI não era uma medida eficaz de conservação de baleias. As áreas que foram mais afetadas pelos regulamentos da CBI demoraram a obedecer aos regulamentos. Foi descoberto que a maioria das áreas baleeiras estava fornecendo à CBI registros falsos de captura. Como resultado, a CBI decidiu por uma revisão regulatória completa que proibiu a caça comercial de baleias em 1982.
Existem exceções à proibição da caça comercial de baleias, no entanto. Certas comunidades têm permissão para pescar baleias, porque banir completamente a prática nessas áreas pode levar à fome. Áreas como Groenlândia, Sibéria e Alasca recebem uma certa cota de baleias que podem capturar para fins de sobrevivência.
O processo de conservação das baleias, no entanto, não para com a prevenção da caça comercial. Baleias e golfinhos são severamente afetados pela poluição do mar. Várias empresas manufatureiras são culpadas de despejar resíduos no mar. Exemplos de resíduos jogados no mar incluem produtos químicos, esgoto, óleo e até materiais nucleares.
Essa poluição afeta a qualidade da água que, por sua vez, danifica a vida aquática que vive no oceano. Golfinhos e baleias que são sujeitas a metais pesados na água podem morrer de envenenamento. Verificou-se que as pessoas que comem cetáceos podem estar em risco de intoxicação por chumbo e outros problemas relacionados à água poluída.