Quanto tempo as baleias vivem em água doce tornou-se objeto de algum debate com várias visitas de baleias a ambientes de água doce. O interesse nesse assunto chegou ao auge quando Humphrey, a baleia jubarte, fez um desvio para o rio Sacramento em 1985, durante a temporada anual de migração de baleias. Humphrey administrou várias semanas na água salobra (água doce) do rio Sacramento antes de finalmente retornar à Baía de São Francisco e depois ao Oceano Pacífico. O assunto foi revisado em maio de 2007, quando uma mãe jubarte e seu filhote entraram no rio Sacramento.
Em geral, alguns especialistas dizem que é incomum ver baleias em água doce por mais de algumas semanas. Existem algumas espécies de golfinhos que são especificamente mamíferos de água doce, mas a maioria das baleias é construída para ambientes de água salgada. Os cientistas não sabem exatamente quanto tempo as baleias podem viver em água doce, uma vez que são mamíferos de água salgada. Uma questão é que, em água doce, eles não têm acesso a suas fontes alimentares regulares.
Uma preocupação adicional das baleias em água doce é que a água salgada desempenha algumas funções naturais para a baleia. Pequenos cortes ou arranhões, por exemplo, são facilmente curados em água salgada. Ambientes de água doce não fornecem acesso aos aspectos benéficos de cura do sal. Observou-se no incidente de maio de 2007 em Sacramento que ambas as baleias pareciam feridas pela hélice de um barco. Felizmente, as duas baleias nesse caso foram levadas de volta ao Oceano Pacífico cerca de duas semanas após sua aparição no Delta do Sacramento.
Os ambientes de água doce também não são naturais para as atividades de natação e mergulho de uma baleia. A maioria das baleias nada em águas com pelo menos 6,1 m de profundidade, se não consideravelmente mais profundas. Os rios de água doce podem ter apenas alguns metros de profundidade do que a circunferência do corpo de uma baleia. Isso os torna mais propensos a encalhar.
A baleia jubarte e muitas outras espécies de baleias são animais migratórios por hábito. Desvios dos padrões típicos de migração podem criar problemas para as baleias. Como não estão acostumados com a rota que estão tomando, as baleias podem facilmente ficar confusas. O instinto de migrar é inato; portanto, por mais interessante que seja ver baleias em água doce, é motivo de preocupação para os amantes de baleias.
Quando possível, governos e grupos ambientais usam seus recursos para ajudar as baleias a voltar ao seu ambiente natural o mais rápido possível. Os biólogos marinhos estão certos de que a biologia da baleia não pode sobreviver indefinidamente em água salobra e que, no máximo, poucas baleias em água doce sobreviverão mais de um mês.