Um ecossistema ameaçado é um ambiente natural ameaçado de colapso e desaparecimento devido à atividade humana, poluição e extinção ou superpopulação de espécies, entre outros fatores. Entidades vivas e não-vivas interagem, formam relacionamentos interdependentes e trocam energia e matéria em ecossistemas que podem ser tão grandes quanto o planeta ou tão pequenos quanto um aquário. Quando a interdependência entre as espécies de um ambiente e os fatores físicos e químicos é interrompida, o ecossistema fica em perigo e pode desintegrar-se completamente. As conseqüências do colapso do ecossistema incluem extinção em massa, populações de espécies que surgem além do controle, interrupção do suprimento de alimentos humanos, erosão, inundações, aceleração das mudanças climáticas e desintegração de grandes regiões do ambiente natural.
Existem muitas causas naturais e humanas de um ecossistema ameaçado, causas que freqüentemente perturbam a cadeia alimentar e o ambiente físico de um ecossistema. A pesca excessiva de uma espécie aquática específica, como tubarões ou atum rabilho, pode afetar negativamente a cadeia alimentar ao esgotar grandes predadores que impedem que populações menores de espécies saiam do controle. Sem grandes predadores, muitas espécies se reproduzem além da capacidade do ambiente imediato de apoiá-las, resultando em diminuição de recursos e alimentos e em um ecossistema ameaçado.
Quando os recursos do ecossistema atual se esgotam, uma espécie super-reproduzida pode se mudar para um novo ambiente, onde pode se tornar invasivo e destrutivo. As espécies também podem ser introduzidas em um ecossistema pelo homem, em um esforço para controlar a população de um animal ou inseto nativo, mas, em vez disso, têm um efeito perturbador.
Os poluentes podem ter um efeito dominó em um ecossistema ameaçado, destruindo o ambiente físico e matando ou mutando espécies. Por exemplo, um poluente introduzido em um ecossistema aquático pode matar as plantas que os peixes e crustáceos maiores consomem. Essas espécies herbívoras começam a morrer e, assim, esgotam as fontes de alimento dos predadores carnívoros do sistema, que também perecem em grande número ou migram para um novo ecossistema em busca de sustento. Além disso, os poluentes podem fazer com que as espécies de um ecossistema sofram mutações, resultando em tudo, desde infertilidade a membros extras e defeitos físicos incapacitantes.
Construção, desenvolvimento e outras atividades humanas, incluindo a caça, podem resultar em um ecossistema ameaçado. A caça inadequada ou excessivamente gerenciada pode enfraquecer a população de uma espécie, removendo os animais mais rapidamente do que eles podem reproduzir e, assim, interromper a cadeia alimentar. Construção e desenvolvimento podem destruir o ambiente físico de um ecossistema do qual as espécies vivas dependem para a sobrevivência. A menos que as espécies do ecossistema ameaçadas possam ser realocadas com sucesso, elas podem ser ameaçadas de extinção.