As pérolas vêm em uma variedade de cores e tons, de branco, creme e rosa a preto com tons azuis, verdes ou roxos. Muitos fatores são responsáveis pela cor de uma pérola, mas, na maioria das vezes, até o acaso. Uma ostra de lábios pretos geralmente não cria uma pérola branca, e é muito raro que outras ostras produzam uma pérola negra. Fora isso, porém, há pouca certeza sobre a cor das pérolas que você pode esperar colher de certas ostras ou áreas.
O material que compõe uma pérola, conhecida como nácar, é secretado pela ostra como resposta a um irritante dentro da concha. As pérolas naturais são extremamente raras e caras e consistem em camadas concêntricas de nácar em torno de um irritante original possivelmente microscópico, como um pedaço de areia. As pérolas cultivadas são produzidas através da introdução de um núcleo de concha, normalmente perfeitamente redondo, e permitindo que algumas camadas de nácar se formem ao seu redor.
Os fatores que contribuem para a cor de uma pérola incluem o tipo de ostra, a espessura e o número de camadas de nácar e, possivelmente, oligoelementos no ambiente aquático da ostra. Um fabricante de pérolas também pode influenciar a cor da pérola, até certo ponto, introduzindo tecido de outra ostra na ostra hospedeira, juntamente com o núcleo da concha. A cor de uma pérola é determinada por uma combinação de fatores: a cor de base, o tom e a iridescência. Às vezes, pérolas cultivadas também são tingidas.
Quanto mais espessa o nácar, mais rica será a cor da pérola e mais iridescência será mostrada. O nácar fino tende a criar uma pérola de aspecto leitoso com poucas conotações. A iridescência de uma pérola é devida às camadas sobrepostas de nácar translúcido.
A cor de uma pérola pode ou não afetar seu custo, embora a uniformidade da cor torne as pérolas mais valiosas. As pérolas negras costumavam ser bastante raras e muito valiosas, mas agora são cultivadas e, consequentemente, muito mais amplamente disponíveis. As pérolas brancas naturais são mais raras e mais valiosas do que as pérolas negras cultivadas. A melhor cor é em grande parte uma questão de escolha pessoal, ou o que mais lisonjeia o tom de pele, embora existam preferências regionais e possam afetar o preço.