Pérolas naturais e cultivadas crescem dentro de ostras. No entanto, as pérolas naturais se formam naturalmente nas ostras, enquanto as pérolas cultivadas são formadas nas ostras pela implantação humana de um núcleo. A outra principal diferença entre os dois é que uma pérola natural tem camadas maduras de madrepérola, ou nácar, do que uma pérola cultivada.
As camadas de nácar formadas em todas as pérolas são compostas de cristais microscópicos. O acabamento iridescente das pérolas vem do alinhamento perfeito dos cristais para que eles reflitam a luz. O nácar é 90% de carbonato de cálcio e 10% de água e outras substâncias orgânicas. A camada externa pode parecer muito diferente entre pérolas naturais e cultivadas; pérolas naturais são geralmente menos iridescentes do que as cultivadas.
Pérolas naturais e cultivadas também podem parecer extremamente diferentes por dentro. Às vezes, uma luz forte é suficiente para ver dentro de uma pérola, mas geralmente as camadas internas de uma pérola só podem ser vistas com equipamentos especiais semelhantes a raios-x. Pérolas cultivadas geralmente mostram uma linha marrom estreita ao redor do núcleo, enquanto pérolas naturais não possuem nenhum desses anéis de crescimento.
Os japoneses inventaram o processo do método do núcleo na colheita de pérolas. O núcleo implantado na ostra pelos seres humanos geralmente é maior do que uma pérola natural seria, já que as camadas de nácar não serão tão espessas em uma pérola cultivada. Caso contrário, a ostra reveste o nácar como um meio de se proteger do irritante externo.
Ao contrário do pensamento popular, um grão de areia geralmente não é irritante o suficiente para uma ostra para fazê-la formar uma pérola. Pérolas naturais são frequentemente formadas a partir de uma escama de peixe, um parasita ou um pedaço de concha. Pérolas naturais e cultivadas estão em demanda no mercado atual, mas a maioria das pérolas vendidas hoje são cultivadas. A menos que as pérolas tenham mais de 80 anos, é uma boa chance de serem cultivadas e não naturais.
As pérolas naturais são raras e a maioria dos moluscos capazes de produzir pérolas está quase extinta devido à caça às pérolas no século XIX. O Bahrein é um dos poucos países restantes que possui mergulhadores à procura de pérolas naturais. Qualquer tipo de pérola pode ser caro, já que nem toda ostra os fabrica. Apenas uma em cada 10.000 ostras produzirá uma pérola, e apenas algumas terão o brilho e a forma desejados.
O aparecimento de pérolas naturais e cultivadas depende não apenas do irritante, mas também das condições de água e alimentos onde a ostra está vivendo. Alguns produtores chineses de pérolas cultivam pérolas de água doce cultivadas que são muito grossas em nácar porque movem o núcleo de pérolas à medida que cresce na ostra, para que a forma resultante seja mais uniformemente arredondada. As pérolas Akoya são pérolas cultivadas produzidas por pequenas ostras japonesas. As contas arredondadas são implantadas nas ostras, de modo que as pérolas Akoya são geralmente muito mais redondas do que a maioria das pérolas cultivadas em água doce.