As flores de pepino são pequenas e amarelas com cinco pétalas enrugadas por flor. Eles são encontrados nas vinhas da planta do pepino. As flores crescem sob grandes folhas verdes que ajudam a fornecer sombra e proteção do meio ambiente. A maioria das plantas produz flores masculinas e femininas, embora algumas plantas de pepino geneticamente modificadas produzam apenas flores femininas.
A planta do pepino produz flores masculinas antes que as femininas cresçam. Uma planta que produz flores masculinas e femininas é chamada monóica. Videiras de pepino imaturas criam flores menores do que as plantas mais velhas. Os pepinos que crescem das flores que aparecem primeiro em uma nova videira costumam ter formato incorreto e contêm menos sementes.
Flores femininas de pepino crescem individualmente em uma haste longa e espessa. Abaixo das pétalas de cada flor há um ovário bulboso. O pepino é encontrado em miniatura no caule atrás da flor feminina imatura. Depois que a flor é polinizada por insetos ou abelhas, o fruto do pepino começa a crescer. Plantas polinizadas inadequadamente produzem pepinos verdes e deformados.
As flores masculinas são de um amarelo muito brilhante e crescem perto do caule da videira. O caule da flor masculina é muito mais fino e curto do que o caule da flor feminina. Visíveis dentro da flor estão três estames. Muitas flores masculinas crescem em cachos na videira do pepino.
A flor masculina do pepino começa a abrir quase dez dias antes do botão feminino. Para cada flor feminina que desabrocha no pepino, haverá de dez a vinte flores masculinas presentes. Algumas variedades de pepinos para uso interno exigem a remoção das flores masculinas para evitar a fertilização da flor feminina. Se ocorrer a fertilização, o pepino maduro terá um sabor muito amargo.
Ao jardinar, a pessoa deve ter cuidado para não perturbar ou danificar as delicadas flores amarelas de pepino. Uma vez que o dano ocorre, a videira de pepino pode ser gradeada para protegê-la até outra estação de crescimento. Se as flores de pepino estão caindo da videira antes de produzir qualquer fruto, pode haver um problema de polinização. A polinização manual das flores femininas com grãos de pólen das flores masculinas pode ajudar a evitar qualquer perda adicional das flores femininas.
Para grandes safras de pepinos, as abelhas podem ser importadas para polinizar as flores. O número padrão de abelhas necessário para a polinização adequada das flores do pepino é uma abelha para cada 100 flores. Alguns agricultores optam por atrasar a polinização até que as vinhas tenham amadurecido por mais tempo; isso dá tempo para que flores femininas maiores cresçam, resultando em um pepino com melhor sabor após a colheita.