As diferentes variedades de molho gruyere se distinguem umas das outras principalmente pelos ingredientes de sabor que são adicionados a um molho de queijo branco básico. O gruyere tem um perfil de sabor sutil e pode ser misturado com sucesso com uma grande variedade de outros sabores, incluindo especiarias, vários tipos de álcool e outros queijos. Embora não seja tecnicamente um molho, o fondue de queijo também costuma ser feito com queijo gruyere.
O queijo Gruyere é um queijo branco suave e firme. Tem um sabor distinto, mas não especialmente forte. Este perfil de sabor significa que pode ser misturado com sucesso com uma grande variedade de outros ingredientes sem produzir sabores desagradáveis.
Na maioria dos casos, um molho gruyere é feito de um molho bechamel simples. O mais simples de todos os molhos da culinária francesa tradicional consiste em um roux feito de manteiga, farinha e leite escaldado. O roux e o leite são combinados para produzir um molho rico e cremoso, graças à manteiga, ao leite e ao amido da farinha.
O queijo é frequentemente adicionado a um molho bechamel, e um molho gruyere é um dos tipos mais comuns de molho produzido dessa maneira. O molho Mornay é criado adicionando queijo gruyere junto com alguma mistura de outros queijos brancos ao molho branco básico. O molho resultante é ainda mais rico do que um molho branco simples e é infundido com os sabores dos queijos. Este molho é frequentemente modificado pela adição de especiarias com sabores bastante suaves, como pimenta branca ou várias ervas.
Refeições com molho gruyere também podem fazer uso de molhos feitos sobre caldo. Gruyere derrete fácil e rapidamente e pode ser derretido em uma base de caldo de frango ou peixe para adicionar riqueza e sabor a um molho. Nesse tipo de aplicação, o molho gruyere costuma ser aromatizado com especiarias apropriadas para a proteína com a qual o molho será servido. Pimenta e páprica, por exemplo, podem ser adicionadas a um molho gruyere construído em uma base de caldo de frango para uso sobre frango assado.
Outro exemplo comum de molho gruyere, ou algo muito semelhante a um molho, é o fondue de queijo. Este tipo de fondue é preparado derretendo lentamente o queijo, normalmente gruyere e algum outro queijo light, em uma base líquida quente composta de vinho branco e às vezes kirsch. Em seguida, temperos suaves, como mostarda, são adicionados e pão ou vegetais são mergulhados no fondue, que é mantido quente e macio enquanto é servido.