Embora tenha suas vantagens, o transporte público também apresenta uma série de problemas. Muitos veículos de transporte público estão lotados, por exemplo, o que pode facilitar a propagação de doenças. Usar o transporte público também pode ser desconfortável ou inconveniente para alguns. Além disso, em algumas áreas, os governos podem descobrir que os custos de operação e manutenção do transporte público superam a receita gerada por ele.
Muitas pessoas acreditam que um dos maiores problemas do transporte público é a falta de privacidade. Alguns acreditam que os ônibus e metrôs estão simplesmente lotados. Em um veículo pessoal, por outro lado, isso normalmente não é um problema. Uma pessoa pode cavalgar ou dirigir até seu destino sem ser esbarrada ou geralmente agitada por outras pessoas.
Os germes são outro dos problemas mais sérios do transporte público. Como as pessoas costumam estar muito próximas umas das outras, elas correm mais risco de pegar uma doença ao usar o transporte público do que o veículo pessoal. Os vírus do resfriado e da gripe, por exemplo, podem ser transmitidos de uma pessoa para outra por meio do contato direto com uma superfície contaminada ou do ar, como quando uma pessoa espirra. A lavagem das mãos ou o uso de desinfetante para as mãos são recomendados antes e depois de andar no transporte público.
Estar confinado em uma área tão confinada com várias outras pessoas também é bastante desconfortável para alguns. Esse conforto comprometido é freqüentemente considerado outro dos problemas do transporte público. Além disso, se um ônibus ou metrô estiver muito frio ou quente, aquecedores ou condicionadores de ar podem ser ligados em um veículo pessoal. Usar um veículo pessoal também traz o luxo de ouvir música ou notícias no rádio durante o trajeto.
Junto com outros problemas de transporte público, muitas pessoas não usam o transporte público porque é inconveniente para elas. Muitos veículos de transporte público funcionam em horários restritos e esses horários de parada nem sempre coincidem com os horários de uma pessoa. Além disso, se um ônibus ou trem estiver atrasado, todos os passageiros também estarão atrasados. Ao usar um veículo pessoal para transporte, o motorista controla onde e quando ele vai a algum lugar.
Um dos maiores problemas de transporte público para alguns governos locais são os custos de operação e manutenção desses sistemas. Alguns desses custos incluem combustível, salários dos motoristas e manutenção do veículo. Em áreas com pequena população, a renda gerada pelos passageiros pode nem sempre ser suficiente para cobrir essas despesas. Muitas vezes, dinheiro do governo será necessário para cobrir a diferença.