Muitas vezes, acredita-se que os anti-sépticos e os antibióticos sejam os mesmos devido às suas propriedades comuns, mas existem algumas diferenças importantes que os distinguem. Normalmente, os anti-sépticos enfraquecem e retardam o crescimento de bactérias e outros microorganismos, o que por sua vez ajuda a prevenir que as bactérias causem infecções futuras. Os antibióticos, entretanto, na verdade matam as bactérias, bem como alguns tipos de fungos e parasitas. Ao contrário da maioria dos anti-sépticos, as bactérias podem se tornar resistentes aos antibióticos após o uso prolongado. Alguns anti-sépticos podem dificultar o processo de cicatrização e piorar o estado de uma ferida.
Uma das principais diferenças entre os anti-sépticos e os antibióticos é como eles atuam contra as bactérias e outros microorganismos. Os anti-sépticos apenas retardam o crescimento das bactérias, em vez de realmente matá-las. Ao contrário dos antibióticos, no entanto, os anti-sépticos também são eficazes em outros microorganismos, tornando-os potencialmente benéficos no combate a outras infecções. Os antibióticos matam as bactérias, mas acredita-se que sejam ineficazes para muitos outros tipos de infecção. Acredita-se que os antibióticos possam combater certos parasitas e fungos no corpo, mas normalmente eles exigem receita médica, pois são considerados mais fortes.
Uma diferença importante entre antissépticos e antibióticos é que as bactérias provavelmente desenvolvem imunidade a certos antibióticos após um uso prolongado ou se a antibioticoterapia não for concluída. Não está confirmado que as bactérias tenham a mesma reação com o uso prolongado de anti-sépticos. Para prevenir a imunidade aos antibióticos, um profissional de saúde pode recomendar a conclusão completa da antibioticoterapia para garantir que todas as bactérias foram eliminadas ou o uso de antibióticos diferentes para certas doenças.
Certos tipos de anti-sépticos também podem inibir a cicatrização e irritar a pele e muitas vezes requerem métodos específicos de uso. Por exemplo, o peróxido de hidrogênio pode exigir que a área seque completamente antes que uma bandagem seja usada, enquanto o fenol pode causar mais danos à pele se uma bandagem for usada. Não existem efeitos colaterais semelhantes dos antibióticos. Assim, se houver a opção de escolher entre antissépticos e antibióticos para tratar feridas na pele, o uso de um creme antibiótico é geralmente recomendado.
Devido à função limitada dos anti-sépticos, eles geralmente são usados topicamente para evitar que mais bactérias e outros microorganismos entrem nas feridas abertas, mas existem alguns anti-sépticos orais. Existem alguns casos raros em que antissépticos e antibióticos podem ser opções para o tratamento da mesma infecção, como certas infecções urinárias. Nesse caso, a gravidade e o tipo de infecção urinária podem determinar o tratamento exato. Os antibióticos são administrados principalmente por via oral, geralmente na forma de penicilina, para matar a infecção dentro do corpo. Existem poucos antibióticos que podem ser tomados topicamente e, como acontece com os antibióticos orais, geralmente exigem receita médica.