Il corpo umano adulto medio ha circa 1013 cellule, circa 1600 volte maggiore del numero di esseri umani sulla Terra. Si stima che per ogni cellula del corpo umano ci siano una decina di microrganismi, per lo più batteri nell’intestino crasso. Ciò è possibile perché il volume di una tipica cellula batterica può essere più di 1000 volte inferiore a quello di una delle cellule del corpo.
Insieme alla flora batterica del corpo, tutti sono anche colonizzati da funghi (principalmente lieviti), protisti e archaea (principalmente metanogeni), sebbene si sappia meno su questi a causa della loro scarsità rispetto ai batteri. Nel dominio della flora corporea macroscopica, quando si trovano all’interno del corpo, questi sono solitamente parassiti dannosi come la tenia. Tuttavia, alcuni esseri umani possono avere migliaia di flora corporea macroscopica nella pelle o nei capelli, spesso sotto forma di acari. Gli scienziati ritengono che nel mondo possano esistere fino a un milione di specie di acari, adattate a ogni ambiente immaginabile, compreso il corpo umano.
Il 99% dei batteri nell’intestino proviene da 30-40 specie. I generi comunemente avvistati includono Bacteroides, Clostridium, Fusobacterium, Eubacterium, Ruminococcus, Peptococcus, Peptostreptococcus e Bifidobacterium. La flora batterica del corpo tende ad avere una relazione simbiotica con il suo ospite. I batteri aiutano a digerire i carboidrati complessi che altrimenti sarebbero indigeribili, promuovono la crescita delle cellule intestinali, reprimono i microbi patogeni, prevengono allergie, malattie infiammatorie intestinali e svolgono un ruolo cruciale nel sistema immunitario. La flora corporea e il corpo che occupa sono in co-evoluzione da decine di milioni di anni.
Circa il 60% della massa delle feci è costituito da batteri. Alcuni batteri trovati nelle feci possono essere patogeni per la persona da cui provengono e per le persone che li circondano. Questa è una delle ragioni dell’igiene moderna. I batteri diffusi tramite le feci includono E. coli e Vibrio cholerae, il batterio che causa il colera.