El cuerpo humano adulto promedio tiene alrededor de 1013 células, alrededor de 1600 veces más que el número de seres humanos en la Tierra. Se estima que por cada célula del cuerpo humano, hay alrededor de diez microorganismos, principalmente bacterias en el intestino grueso. Esto es posible porque el volumen de una célula bacteriana típica puede ser más de 1000 veces menor que el de una de las células del cuerpo.
Junto con la flora del cuerpo bacteriano, todo el mundo también está colonizado por hongos (principalmente levaduras), protistas y arqueas (principalmente metanógenos), aunque se sabe menos sobre estos debido a su escasez en relación con las bacterias. En el ámbito de la flora corporal macroscópica, cuando se encuentran dentro del cuerpo, estos suelen ser parásitos dañinos como las tenias. Sin embargo, ciertos seres humanos pueden tener miles de flora corporal macroscópica en la piel o el cabello, a menudo en forma de ácaros. Los científicos creen que puede haber hasta un millón de especies de ácaros en el mundo, adaptadas a todos los entornos imaginables, incluido el cuerpo humano.
El 99% de las bacterias en el intestino proviene de 30 a 40 especies. Los géneros con visión común incluyen Bacteroides, Clostridium, Fusobacterium, Eubacterium, Ruminococcus, Peptococcus, Peptostreptococcus y Bifidobacterium. La flora corporal bacteriana tiende a tener una relación simbiótica con su anfitrión. Las bacterias ayudan a digerir los carbohidratos complejos que de otra manera serían indigeribles, promueven el crecimiento de las células intestinales, reprimen los microbios patógenos, previenen alergias, enfermedades inflamatorias del intestino y juegan un papel crucial en el sistema inmunológico. La flora corporal y el cuerpo que ocupa han evolucionado conjuntamente durante decenas de millones de años.
Aproximadamente el 60% de la masa de las heces está formada por bacterias. Algunas bacterias que se encuentran en las heces pueden ser patógenas para la persona de donde provienen y para las personas que las rodean. Ésta es parte del motivo de la higiene moderna. Las bacterias que se propagan a través de las heces incluyen E. coli y Vibrio cholerae, la bacteria que causa el cólera.