Hay muchas ventajas de asistir a una escuela secundaria en línea. Primero en esta lista puede ser la selección de cursos. A menudo, los estudiantes de secundaria se encuentran con una selección limitada de cursos entre los que pueden elegir. Por otro lado, muchas escuelas en línea ofrecen una extensa lista de cursos que incluye todo, desde conceptos básicos como matemáticas y ciencias hasta extras como programación de computadoras y lecciones de instrumentos. Muchas escuelas secundarias en línea también ofrecen a los estudiantes la oportunidad de tomar clases de honores y avanzadas que pueden no estar disponibles en algunas escuelas tradicionales.
Otra ventaja de la escuela secundaria en línea es la conveniencia. Un estudiante no tiene que levantarse muy temprano en la mañana y salir corriendo a la escuela. En cambio, puede dormir una cantidad razonable y comenzar el día con su horario preferido. Si bien las escuelas públicas en línea tienen requisitos de asistencia y las escuelas privadas también pueden tenerlos, hay mucha más flexibilidad con una escuela en línea. Además, el estudiante de secundaria en línea no tiene que preocuparse por qué ponerse o qué dirán sus compañeros sobre cómo se ve ese día; incluso puede aprender en pijama si quiere.
Un estudiante de secundaria en línea también puede experimentar el placer de aprender a su propio ritmo. Con este tipo de aprendizaje, el estudiante no necesita verse afectado por una clase que se está moviendo demasiado rápido o lento para él. Asimismo, es posible que pueda aprovechar las ofertas de cursos que se adapten a su estilo de aprendizaje particular. Por ejemplo, algunas escuelas secundarias en línea ofrecen cursos que se adaptan a los estudiantes visuales o auditivos, además de aquellos que aprenden bien con los métodos de enseñanza tradicionales.
La escuela secundaria en línea también ofrece los beneficios de estar más libre de distracciones. Los estudiantes pueden sentirse más libres para aprender sin la presión de sus amigos, del sexo opuesto y de los acosadores. También pueden hacer un mejor uso de su tiempo de aprendizaje, ya que no tendrán que esperar a que el maestro distribuya los trabajos o se ocupe de los estudiantes que no cooperan. Los estudiantes tímidos también pueden beneficiarse, ya que no tendrán que preocuparse por sentirse avergonzados de hacer o responder preguntas frente a otros cuando se inscriban en una escuela en línea.
Otra ventaja de la escuela secundaria en línea es que permite a los estudiantes hacer un mejor uso de su tiempo. Dado que no pierden tiempo esperando que comience la clase y viajando hacia y desde la escuela, es posible que tengan más tiempo para perseguir sus pasiones. Por ejemplo, si un estudiante está entrenando ballet, es posible que tenga más tiempo para practicar. Si otro estudiante está aprendiendo a tocar un instrumento musical, es posible que también tenga más tiempo para eso. Incluso el trabajo a tiempo parcial y la socialización pueden encajar mejor en la vida de un estudiante que tiene la flexibilidad que ofrece una escuela en línea.