Embora o Alabama tenha se tornado um estado em 1819, a história de sua bandeira estadual não começou até 1861, quando foi tomada a decisão de se separar da União. Em janeiro de 1861, na Convenção da Secessão, a primeira bandeira do estado do Alabama foi adotada pelos delegados. Essa bandeira foi usada apenas algumas semanas; em março de 1861, o Alabama começou a usar a primeira das duas bandeiras confederadas como sua. Em 1865, após o fim da Guerra Civil, a bandeira dos Estados Unidos tornou-se a bandeira oficial do Alabama. Finalmente, em 1891, o Alabama projetou e acabou adotando uma bandeira única que sobrevoa o estado desde então.
A bandeira do estado de 1861 do Alabama foi desenhada em Montgomery por um pequeno grupo de mulheres. Em um lado da bandeira, a figura da Deusa da Liberdade era exibida segurando uma espada em uma das mãos e uma bandeira menor com apenas uma estrela na outra; as palavras Independent Now and Forever apareceram acima da figura. Do outro lado, havia uma cascavel enrolada junto com uma planta de algodão com as palavras Não me toque embaixo dessa ilustração. Esta bandeira é às vezes chamada de bandeira da Convenção da Secessão ou da República do Alabama. Cerca de um mês depois de ser adotada como bandeira do estado do Alabama, uma forte tempestade a danificou, e a bandeira foi removida e nunca mais hasteada.
Pouco depois que a primeira bandeira do estado do Alabama foi removida, o estado optou por usar a bandeira nacional confederada. Em ocasiões oficiais, a primeira bandeira nacional ou a segunda bandeira nacional da Confederação foram hasteadas. Quando a Guerra Civil acabou em 1865, essas bandeiras foram removidas e o Alabama voltou a usar a bandeira dos Estados Unidos.
O Alabama usou a bandeira dos Estados Unidos até 1891, quando um novo desenho para uma bandeira estadual foi encomendado. Finalmente, em 1895, uma nova bandeira foi aprovada pelo legislativo, que continua sendo a bandeira do estado do Alabama até hoje. O projeto aprovado foi padronizado na bandeira da Batalha Confederada e se tornou a segunda bandeira oficial do estado do Alabama.
De todas as 50 bandeiras estaduais, a do Alabama é uma das mais simples em design. Conforme promulgada por lei, a bandeira do Alabama é uma cruz carmesim de Santo André colocada contra um campo branco. As cores usadas na bandeira representam coragem e pureza, enquanto a cruz reflete parte do desenho da bandeira da Batalha Confederada. Como a legislação não determina se a bandeira deve ser retangular ou quadrada, ela é vista nos dois sentidos.