Die Ökologie von Feuchtgebieten umfasst die Untersuchung von Landflächen, die jedes Jahr entweder dauerhaft oder für einen beträchtlichen Zeitraum teilweise oder vollständig unter Wasser stehen. Es gibt viele Arten von Feuchtgebieten, von Sümpfen bis hin zu Gezeiten-Feuchtgebieten an der Küste. Jede Umgebung enthält eine einzigartige Mischung aus Pflanzen und Tieren.
Die Untersuchung von Sümpfen ist ein großer Zweig der Feuchtgebietsökologie. Sümpfe werden weitgehend durch das Vorhandensein untergetauchter, aber noch lebender Bäume bestimmt. Diese Gebiete existieren im Allgemeinen auf Überschwemmungsgebieten in der Nähe von Flüssen und können ziemlich groß werden. Das Sumpfsystem Al-Sudd im Südsudan zum Beispiel umfasst über 30,000 Quadratkilometer (18,641 Quadratmeilen). In den Vereinigten Staaten enthält der Big Cypress Swamp, der an die Florida Everglades angrenzt, 2,400 Quadratkilometer Feuchtgebietsökologie.
Sümpfe haben eine große Artenvielfalt. Große Reptilien wie Alligatoren und Krokodile scheinen in diesen Gebieten besonders zu Hause zu sein. Das Insektenleben ist reichlich vorhanden und bietet Nahrung für zahlreiche Fisch- und Vogelarten. Stagnierende Pools innerhalb dieser Ökosysteme beherbergen eine Vielzahl von Wasserpflanzen und Pilzen.
Marshlands grenzen oft an Sümpfe, können aber auch unabhängig voneinander gebildet werden. Diese Bereiche können aus Süßwasser oder einer Kombination aus Süß- und Salzwasser bestehen. Im Allgemeinen sind die Gewässer in Sumpfgebieten stagnierender als in Sümpfen, und es gibt wenige bis keine Bäume.
Sumpfgebiete, die an den Ozean grenzen, enthalten oft eine Mischung aus Süß- und Salzwasser. Brackige Sümpfe und Salzwiesen haben den höchsten Salzgehalt und oft die geringste Vielfalt an Wildtieren. Salzresistente Gräser wie Austerngras und Drahtgras gedeihen in diesen Ökosystemen. Krabben, Austern und Fische, die von den Gezeiten angeschwemmt werden, ziehen unzählige Vögel an.
Süßwasser- und Zwischenmoore haben einen geringen bis keinen Salzwassergehalt. Daher ist das Pflanzen- und Tierleben reichhaltig und vielfältig. Säugetiere, insbesondere Nagetiere, sind in diesen Gebieten reichlich vorhanden. Wasservögel wie Enten und Gänse sind ebenso allgegenwärtig wie kleine Reptilien wie Frösche und Schildkröten. Die Ökologie von Feuchtgebieten in Sümpfen umfasst auch viele der gleichen Fisch- und Vogelarten, die in lokalen Wasserstraßen vorkommen.
In geringerem Maße umfasst die Feuchtgebietsökologie auch die Untersuchung von Moorlebensräumen. Ähnlich wie Sümpfe sind diese Feuchtgebiete oft bewaldet. Moorwasser ist jedoch extrem sauer und meist ziemlich stagnierend. Diese Kombination produziert oft Torf, wenn große Mengen an abgestorbenem Moos oder Flechten vorhanden sind.
Das Tierleben in Mooren wird durch den Säuregehalt des Wassers eingeschränkt. Die vorhandenen Arten sind jedoch oft stark an die Bedingungen der Moorumgebung angepasst. Infolgedessen sind diese Pflanzen und Tiere in anderen Gebieten selten zu finden.